不过在这个问题上寅恪先生的心理活动似乎很矛盾，一方面表现为自我深惜，另一方面，如果有人以同样的理由指责他，却是他绝对不能接受的。钱牧斋晚年撰写的《西湖杂感序》里，有“今此下民，甘忘桑椹。侮食相矜，左言若性”[28]的句子。寅恪先生指出这是用王元长《三月三日曲水诗序》的典故，意在骂当日降清的老汉奸们，尽管自己也包括在内，也不回避，说明钱的“天良犹存”[29]，很值得同情。而《四库全书总目提要》“朱鹤龄愚庵小集”条，对朱所作《元裕之集后》下面一段话颇为赞赏：“裕之举金进士，历官左司员外郎，及金亡不仕，隐居秀容，诗文无一语指斥者。裕之于元，既足践其土，口茹其毛，即无反詈之理。非独免咎，亦谊当然。乃今之讪辞诋语，曾不少避，若欲掩其失身之事，以诳国人者，非徒悖也，其愚亦甚。”[30]这段话自然是针对钱牧斋而发的，所以《总目提要》称赞朱“能知大义”[31]。但寅恪先生不能同意此种说法，他反驳道：“牧斋之降清，乃其一生污点。但亦由其素性怯懦，迫于事势所使然。若谓其必须始终心悦诚服，则甚不近情理。”[32]特别是对“既践其土，口茹其毛，即无反詈之理”的说辞，寅老格外反感，他说：“夫牧斋所践之土，乃禹贡九州相承之土，所茹之毛，非女真八部所种之毛。馆臣阿媚世主之言，抑何可笑。”[33]把这里的辩难和前面的“践秦庭”“餐周粟”联系起来，词旨之深含，已昭然若揭。
当然《别传》的中心题旨是理出河东君的生平事迹，辨章学术，别白真伪，为一代奇女子立传。所以寅恪先生在第一章叙及作书缘起时特地说明：“今撰此书，专考证河东君之本末，而取牧斋事迹之有关者附之，以免喧宾夺主之嫌。”[34]这也即是此书原题《钱柳因缘诗释证稿》，后定名为《柳如是别传》的客观依据。而且作者在学术上悬置的目标极为严格，即要求对钱柳因缘诗的释证达到通解；但钱柳因缘诗的特点，不仅涉及远近出处之古典故实，更有两人诗章出处之今典，在这种情况下，寅恪先生提醒读者注意：“若不能探河穷源，剥蕉至心，层次不紊，脉络贯注，则两人酬和诸作，其辞锋针对，思旨印证之微妙，绝难通解也。”[35]又说：“解释古典故实，自当引用最初出处，然最初出处，实不足以尽之，更须引其他非最初，而有关者，以补足之，始能通解作者遣辞用意之妙。”[36]验之《别传》有关章节，可以说这些目标都达到了。
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