《别传》披露的南都倾覆后钱柳所进行的反清复明活动，为客观地评价牧斋提供了事实依据，同时也反证其当时降清未必即心悦诚服。对此寅恪先生写道：“牧斋之降清，乃其一生污点。但亦由其素性怯懦，迫于事势所使然。若谓其必须始终心悦诚服，则甚不近情理。”[117]牧斋晚年作《西湖杂感》诗二十首，序中有“侮食相矜，左言若性”之句，典出《文选》王元长《曲水诗序》（前已略及）。[118]寅恪先生说：“牧斋用此典以骂当日降清之老汉奸辈，虽己身亦不免在其中，然尚肯明白言之，是天良犹存，殊可哀矣。”[119]对牧斋的矛盾心理表示同情。《列朝诗集小传》的纂辑，在牧斋一为存史，二为复明，但《辋川诗钞》的作者王胜时不理解，予以讥评，说“钱选列朝诗，首及御制，下注臣谦益曰云云”。[120]实际上，这正是牧斋的不忘故国旧君，应予以肯定。寅恪先生说：“胜时自命明之遗逸，应恕其前此失节之愆，而嘉其后来赎罪之意，始可称为平心之论，今则挟其师与河东君因缘不善终之私怨，而又偏袒于张孺人，遂妄肆讥弹，过矣！”[121]胜时是陈子龙的弟子，故有此论。可见寅恪先生史心之宽平。章学诚在《文史通义》中曾提出“论古必恕”的观点，同时说明恕并不是宽容，而是“能为古人设身而处地也”[122]。寅恪先生正是如此。
不仅对钱牧斋，举凡清初的知识分子，包括一方面负复明之志，转而又去应乡试的士子如侯朝宗、李素臣、陆子玄等，寅恪都主张不必求之过苛，因而写道：
子玄亦必是志在复明之人，但何以于次年即应乡试？表面观之，似颇相矛盾。前论李素臣事，谓其与侯朝宗之应举，皆出于不得已。子玄之家世及声望约略与侯李相等，故疑其应丁酉科乡试，实出于不得已。盖建州入关之初，凡世家子弟著声庠序之人，若不应乡举，即为反清之一种表示，累及家族，或致身命之危险。否则陆氏虽在明南都倾覆以后，其旧传田产，犹未尽失，自可生活，不必汲汲干进也。关于此点，足见清初士人处境之不易。后世未解当日情势，往往作过酷之批评，殊非公允之论也。[123]
历史人物的行动心理，是由历史环境铸成的。离开历史条件苛求历史人物，不是正确的史学态度。清初的政治环境极为严酷，士人噤若寒蝉。对待是否应举问题，也需顾及人物的处境。寅恪所论，心平词恕，设身处地，真正大史家的风范。《别传》对当时之人与事作如此评骘者例证甚多。即使对阉党阮大钺，寅恪先生也加以分析，在肯定其人品史有定评的同时，称赞阮氏的《燕子笺》《春灯谜》等戏剧与王铎的书法一样，可谓明季之绝艺。[124]崇祯二年定阉党逆案，阮大钺遭废斥，痛陈错悔之后避居南京达十七年之久，自然不无韬晦以伺机再起之意；但顾杲、杨廷枢等复社中坚作《留都防乱揭》，欲加以驱逐，则加深了历史遗留下来的人事恩怨。寅恪先生对此桩公案作了分析，指出阮大钺“痛陈错认之意，情辞可悯”，因而申论道：
此固文人文过饰非之伎俩，但东林少年似亦持之太急，杜绝其悔改自新之路，竟以“防乱”为言，遂酿成仇怨报复之举动，国事大局，益不可收拾矣。夫天启乱政，应以朱由校、魏忠贤为魁首，集之不过趋势群小中之一人。揆以分别主附，轻重定罪之律，阮氏之罪，当从末减。黄梨洲乃明清之际博雅通儒之巨擘，然囿于传统之教训，不敢作怨怼司马氏之王伟元，而斤斤计较，集矢于圆海，斯殆时代限人之一例欤？[125]
黄梨洲对牧斋诗持严厉的批评态度，常常有失公允，所以寅恪先生在《别传》中不得不予以辩正，同时也不赞成其集矢于阮大钺，而认为夏完淳在《南都杂志》中说的“圆海原有小人之才，且阿珰亦无实指，持论太苛，酿成奇祸，不可谓非君子之过”，是“颇为公允”的“存古之论”[126]。寅恪先生早在1930年为冯友兰《中国哲学史》上册所作审查报告中就提出：“对于古人之学说，应具了解之同情，方可下笔。”[127]这一史学思想在晚年所著的《别传》中得到了充分的实现。
第三个特点，《柳如是别传》的字里行间充满了史家的兴亡感。明清史是痛史，明清文化史更堪哀痛。1927年王国维自沉昆明湖，说者纷纭，对死因有种种猜测，独寅恪先生在《王观堂先生挽词》的序中从文化兴衰的角度加以解释：“凡一种文化值衰落之时，为此文化所化之人，必感苦痛，其表现此文化之程量愈宏，则其所受之苦痛亦愈甚；迨既达极深之度，殆非出于自杀无以求一己之心安而义尽也。”[128]《挽王静安先生》诗也有“文化神州丧一身”[129]之句。1927年清华大学为王国维立纪念碑，寅恪先生撰写的铭文中也说：“先生以一死见其独立自由之意志，非所论于一人之恩怨，一姓之兴亡。”[130]这与《别传》里流露的、寄寓的文化哀痛之思，以及所表彰的传主河东君的思想精神，完全吻合。
《别传》第四章释证河东君致汪然明尺牍，有一通涉及借舫游湖一事，从中可以看出西湖之盛衰，如汪氏后来与周靖公书所说：“三十年前虎林王谢子弟多好夜游看花，选妓征歌，集于六桥；一树桃花一角灯，风来生动，如烛龙欲飞。较秦淮五日灯船，尤为旷丽。沧桑后，且变为饮马之池。昼游者尚多蝟缩，欲不早归不得矣。”[131]明清鼎革前后，西湖风景变化如此，能不令人感叹欤？其中“沧桑后，且变为饮马池”句，颇堪寻味。寅恪先生在叙及此种变迁后写道：
盖清兵入关，驻防杭州，西湖胜地亦变而为满军戎马之区。迄今三百年，犹存“旗下”之名。然明身值此际，举明末启祯与清初顺治两时代之湖舫嬉游相比论，其盛衰兴亡之感，自较他人为独深。吁！可哀也已。[132]
