有一次，华佗给曹操治病，经过扎针服药，病治好了。曹操很高兴，想留医道高明的华佗给他当私人侍医。华佗不愿当终日住在深宫大院里的侍医，于是拒绝了曹操。不答应，曹操就不让走。一而再，再而三，华佗一下子住了两个多月。一天，他见了曹操，谎称夫人久病在床，没人照顾，愿等夫人病好后，再来侍奉丞相。曹操信以为真，就派人送他回家。派去的人回来后对曹操说：“华佗夫人生病是假，不愿意当侍医是真。”曹操听了很生气。
过了不久，曹操的头风又犯了，没办法，只好派人又把华佗请来。华佗看了曹操的病情，沉思了一下，然后对曹操说：“丞相的病要想彻底根除，必须先饮‘麻沸散’，再剖开头盖骨，取出大脑里边的风涎，才能彻底治好。不然，以后还会再犯的。”
曹操犹豫不决，再加上小人暗中说了华佗坏话，曹操便怀疑华佗居心不良，也就不敢叫华佗给他治疗了。华佗见状当众把曹操奚落了一顿。曹操一怒之下，把华佗关进了监狱。
华佗被关进监狱以后生了病，自觉没有出狱的指望了，就下定决心，要把一生为人治病的经验总结出来，流传后世，广济众人。华佗整整写了一年零三个月，才把书写成了。书写成后，他的病也越发沉重了。
有一天，一位狱卒来看他，华佗眼含着热泪，从枕头下拿出那部刚写好的医书对狱卒：“你对我很好，我没有什么可以报答，这有我写的一部医书，名叫《青囊书》。它是我一生从医的经验积累，留给你学了济世救人吧！”狱卒听了激动地流下泪，叩拜了师父，收下了药书。狱卒收藏了药书，害怕曹操知道了怪罪，就连夜把书送到家里，交给老婆细心收藏起来。
狱卒回家送书还没回来，华佗就死了。华佗死后，狱卒很难过，发誓要刻苦学习，为民治病，以慰师父在天之灵。不久，狱卒就辞职还家了。当他背着行李，念着药歌，高兴地走进家门时，抬头一看，大吃一惊，只见老婆正在焚烧那部《青囊书》，狱卒不顾一切，跑上去抢救，可惜晚了，烧得仅剩半本。狱卒气坏了，手指着老婆的鼻子质问说：“你为什么烧我的药书？”
他老婆含着泪说：“我是想叫你多活几天。你没看见吗？华佗师父不就是因为这些本事，才被监禁致死的吗？”狱卒悲愤地对老婆说：“一个人来到世上，上不能报效国家，下不能为百姓做点好事，活一百岁又有什么用？”他老婆听了很受感动。可是，书已经烧了，后悔也来不及了。
由于狱卒刻苦钻研那半部《青囊书》，后来也成了一位有名的医生。
在与孙权的合力下，曹操败杀了关羽，保护了襄、樊，但他的身体也在逐渐恶化，回到洛阳后，他便无法再回邺城了，虽然，此时他收到了孙权劝他称帝的信，他也表示有心无力，之后，他的头疼症再次发作，加上战场奔波、日夜操劳，终于病倒，卧床不起，建安二十五年（220年），曹操病逝，终年六十六岁，一代枭雄的人生就此画上句号。
曹操临死前留下遗嘱说：“在军中，我依法办事，是对的，但也有过失，这不该效仿，天下尚未安定，我死后不要遵守古代的厚葬制度，我穿的礼服要和平时一样，文武百官要脱掉丧服，各地将士都要坚守职位，不要离开，入殓也不要华服，就将我埋在邺城西面的山上，跟西门豹（战国时的政治家）的祠堂靠近，也不要用金银珠宝陪葬。”
曹操在遗嘱里主要表现的是自己崇尚节俭的作风，他反对厚葬，这并不是沽名钓誉，曹操在生前也是一直奉行这一准则。
裴松之在为《三国志》作注中引用《魏书》一段话：“雅性节俭，不好华丽，后宫衣不锦绣，侍御履不二采，帏帐屏风，坏则补纳，茵蓐取温，无有缘饰。攻城拔邑，得靡丽之物，则悉以赐有功，勋劳宜赏，不吝千金，无功望施，分毫不与。四方献御，与群下共之。”
