李鸿章对太平军和捻军采取严酷手段，而他对资产阶级保皇党和革命党所持的态度则要慎重得多，并且表现出了相当强的策略性。大体说来，李鸿章在就任粤督后的头三个多月的时间里，以筹办保皇党问题为中心政务。当时顽固派和保皇派之间的矛盾日益激化。清廷在任命李鸿章署理粤督的第二天，谕令各省督抚严密缉拿康有为、粱启超以“明正典刑”；及至李鸿章接篆视事后六天，又下诏以端王载漪之子溥仪为大阿哥，史称“己女建储”。这是顽固派为消灭保皇党，废黜其“圣主”光绪所采取的重要步骤。保皇党人深感时局艰危，急谋对策。粱启超明确指出：“圣主之危，甚于累卵，吾辈之责，急于星火。”他同康有为密议函商，决定推进“武装勤王”计划，力主先夺广东，建立政府，争取外援，“抚绥内政”，然后挥师北指，“去救皇上”。粱启超如坚持取粤，势必同粤督李鸿章发生冲突。粱启超一面致函李鸿章，感谢他在戊戌政变后对自己的“殷勤垂爱”，劝他不要迫害保皇党人，为慈禧做荆卿；一面写信给同党表示：“肥贼刘豚在粤颇增我辈之阻力，宜设法图之。”“肥贼”指李鸿章，“刘豚”指刘学询，有土豪之称，曾包办“闱姓”（时粤垣一种官督商办的公开赌博，每届科举皆以投考士子之姓氏为赌）多年，致使其“金钱势力足以左右上子之成败，及官吏进退”，成为钱势兼备的士绅，李鸿章督粤时倍加倚重和竭力庇护刘学询。1899年夏秋，刘学询经清廷钦派赴日，明为考察商务，实则前去谋刺康、梁，后入李鸿章幕府，成为其机要幕僚。梁启超说：“刘豚为肥贼军师，必竭尽全力以谋我。恐其必生多术，以暗算我辈。”因此必欲诛之而后快。
自称“康党”而又“奉懿旨捕康、梁”的李鸿章，既不敢违抗拿办康、梁的懿旨，又不愿与康、梁彻底决裂，于是历史呈现出复杂的情景。
李鸿章一面“奉职而行”，逮捕保皇党人罗赞新等人的家属，并请英国外交部电饬新加坡、香港总督及驻华各国领事查拿拘禁保皇党人，力图防止保皇党人以港澳为基地，在广东掀起“武装勤王”风潮；一面“曲为保全”，预留地步。早在当年2月11日，清廷就命令李鸿章铲平康、梁在广东本籍的祖坟，“以儆凶邪”。但是，李鸿章却迟迟不动。3月26日，总署责问李鸿章：“平毁康逆坟墓一事，如何办理，迅速电复。”李鸿章当即复电总署说：“新党”在香港定做“勇衣”、“战裙”，“名为新党勤王，实欲袭城起事”，联系的“会目甚众”，筹集的“会银甚巨”，“惟虑激则生变，平毁康坟似宜稍缓筹办。”慈禧对李鸿章对此事的态度颇为不满，常驻北京的李鸿章之子李经述等闻讯后立即通报其父，说“内意甚忌‘新党勤王’四字”，“深以缓平坟一语为不然”。事实确系如此，于是慈禧怒斥李鸿章“语殊失当”，警告说“倘或瞻顾彷徨，反张逆焰，惟当李鸿章是问”。李鸿章无奈，只得平毁康有为祖坟。不仅如此，李鸿章还暗中与康、梁书信往来。他在接到梁启超信后，曾请他的侄婿孙宝谊代复一书。李鸿章还特地“使人问讯”康有为。凡此种种，博得了康有为一分为二的评价：“公向来既无仇新党之心，而今日乃有显仇保皇之事，在名义则不正，在时势则非宜”；并终于软化了梁启超的强硬态度，4月12日，梁启超致函康有为说：“得省城不必除肥贼，但以之为傀儡最妙。”
至于对待刘学询，他们还是坚持除治，不稍宽恕，认定“豚子不宰，我辈终无着手之地”，此事“与吾党绝大关系，虽多费亦当行之”。刘学询和李鸿章的地位与用处毕竟大不相同，并且，就个人恩怨而言，康、梁与刘学询势不两立，因为刘学询一直自告奋勇充当谋杀康、梁的凶手，而康、梁与李鸿章之间关系的紧张与缓和，则主要取决于政治的需要。
人的行动都必须要靠自己的判断来支配。李鸿章的某些判断，隐含着言外之言、意外之意。
