其时湖南的兵，有归附国民政府的，也有仍为直系效力的。国民政府乃派兵前往救援，将湖南平定。至九月，遂下汉口、汉阳，把武昌包围。十月十日，武昌亦降。这是国民军的中路。其左军西北上，平定荆、沙。右军入江西，至十一月而江西平定。留守东江的兵，以十二月入福建。而北方的国民军，亦以七月间进兵甘肃。十一月入陕西，十二月达到潼关。
其时河南仍为直军残部所据，河北则为奉军，而直军从江西败后，亦退驻江北。南京仍由奉军渡江，当守御之任。国民政府乃以湖南、北的军队入河南；命东江的军队，从福建入浙江；在江西的兵，分为江左、江右两军，沿江东下。入浙江的军队和沿江东下的军队，于十六年（一九二七）二月达到南京。入河南的兵，至五月间，亦在开封和出潼关的冯军会合。
此时革命军的气势，已如风利不得泊。而因清党事起，稍行停顿。直军曾以其间攻占扬州、浦口，并渡江占据龙潭，旋给国民军打退。其时山西亦出兵以攻直隶的奉军，然因北伐总司令辞职，故南方仍未能出兵。十七年（一九二八）一月，蒋中正再起任总司令。乃再出兵北伐。四月间，连下兖（yǎn）州、泰安。五月一日，入济南。至三日而惨案作。
当十六年（一九二七），国民政府的兵力将要达到山东时，日本已借保侨为名，调兵驻扎济南，后因北伐停顿退回。十七年（一九二八），北伐进行，日兵亦复至。六月三日，日兵驻济南的，无端启衅。将我国徒手的军民，杀死无数，且闯入交涉公署，杀害特派交涉员蔡公时及职员多人。我军因避免纠纷，饬令军队退出。日军又于八日用大炮攻城。我国少数军队亦退出。日军遂入据济南，将津浦路截断，又照会中国，说“战争进展到京、津，祸害或及满洲时，日本要执行适当的处置”。国民革命军绕道德县北上，奉军亦发出息争御侮的通电。六月三日，张作霖出关。四日，至皇姑屯，遇炸。张作霖的遇炸，是促进东北和国民政府合作最重要的关键。其时直、鲁军尚麕集直东，由关内外合力解决。至十二月二十九日，东三省亦通电服从国民政府。北伐的事业，遂告完成。其占据济南的日兵，却直到十八年（一九二九）三月间，才议定条件，至六月中乃撤退。
[1]此时冯玉祥的兵称国民一军，胡景翼的兵为国民二军，孙岳的兵为国民三军。段祺瑞就任执政后。冯玉祥等曾通电将国民军名义取消，然人家仍称他们为国民一、二、三军。
[2]其时段祺瑞亦主张先召集善后会议，以解决时局纠纷。三个月内，召集国民代表会议，以解决根本问题。并声言“会议成功之日，即为祺瑞卸职之时”。孙中山因其两会议，人民团体无一得与，命国民党员，不得参与。后来段政府所召集的善后会议，仅议决军事、财政两善后委员会的条例。而此两委员会，则因时局纷乱，未能议出什么事情来。
