在大力提倡垦殖的同时，又扩大屯田网，除军屯、民屯外，还有军民和屯等形式。据历史记载，当时大漠南北的屯田是卓有成效的。元初，民间有自发组织的“锄社”，“先锄一家之田，本家供其饮食，其余次之，旬日之间，各家田皆锄治”，“间有病患之家，共力锄之”，往往“苗无荒秽，岁皆丰熟”。元政府在此基础上发展为村社形式，规定“诸县所属村，凡五十家立为一社”。社长组织居民垦荒耕作，修治河渠，经营副业。这种村社是农村基层组织，成为恢复生产的一种积极手段。
此外，在恢复和发展农业生产方面还采取了一系列其他措施，如迁徙民户充实内地和西北地区，听民自买荒田旷土，延期课税，对贫困的屯田户和迁民，给以牛具、农具和种粮；清理豪强侵占的土地和民户，推行大规模的“籍户”（调查登记户口），释放部分奴隶从事农业生产，以及兴修水利等等。
由于贯彻了重视农桑的政策，各地的农业生产都取得了不同程度的恢复和发展。
农业发展的表现，首先是水利灌溉业的发达。元初，内设都水监，外设各处河渠司，以兴举水利，修理河堤。郭守敬作督水少监时，曾亲自到华北、西北一带进行规划，增辟水田数万顷。宋、金时的水利工程，在元朝都逐步得到了恢复。王祯《农书》中介绍用于灌溉的水车就有七种，其中高转筒车可引水到二百余尺的高地，这些工具在当时能够广泛应用，是和水利事业的发展分不开的。
第二，表现在粮食产量的提高上。到元世祖时期，陕西关中地区的小麦“盛于天下”，关、陇、陕、洛出现了“年谷丰衍，民庶康乐”的景象。长江以南地区产量更高，仅江浙一省的岁粮总数就占了全国岁粮总数的三分之一强。少数民族地区农业生产也有很大的发展，当时北至怯绿连河（克鲁伦河）、乞里吉思、谦谦州（均在今叶尼塞河上游一带），南至罗罗斯（四川南部）、乌蒙（云南昭通），均有屯田。
二、土地
在土地占有关系上，元代在北方基本上沿袭辽金旧制，在南方则保持南宋的陈规，没有多大变化。官田是政府掌握的土地，在北方主要是金时屯田军遗留下的土地，南方则包括南宋的入官田、内府庄田和南宋末年掠夺民田而设置的公田。元政府把这些官田的一部分作为军队屯田，一部分作为官吏职田，一部分用来赏赐王公贵族和寺观僧侣，剩余的由政府直接招佃耕种。私田是蒙古贵族、各族地主和一部分自耕农私人占有的土地。官田和地主占有的土地除一部分由农奴性质的驱丁耕种外，绝大部分是以佃耕的方式出租给农民。
佃户交租有分成租和定额租两种形式。元律规定，主户打死佃客，依“良人殴死他人奴婢例断一百七下”。从法律上可以看出当时佃户地位之低下。
蒙古贵族入中原后，除一般佃户外，还有所谓投下户。在徭役繁重的情况下，军、民、站户之应役者均以投附投下为避役之计。投下官吏亦乘机诱纳，元政府不得不屡屡申禁投下擅招民户。这种现象的产生，说明元朝北方劳动者的身份比北宋时期有所下降。
三、赋役制度
蒙古国时期的赋役采取“中原以户，西域以丁，蒙古以马、牛、羊”的征收办法。元世祖时曾按居民贫富划分为上、中、下三等户，每等再分三级，如上上、上中、上下等，称为三等九甲。登记户等的簿籍，叫做“鼠尾文簿”。科征赋税差役时，即以鼠尾簿为准。
元代的赋税制度，前期后期数经变化，主要有税粮和科差两项。税粮南北不同。北方分为丁税、地税。1280年（至元十七年）规定全科户丁税每年每丁纳粟三石，驱丁纳粟一石；地税每亩纳粟三升。南方则沿袭宋代旧制，一律按地亩分夏秋两税征收。秋税纳粮，夏税纳木棉、布帛、丝棉等物。其数量则根据土地肥瘠、产量多少而定。
