锦衣卫设立于洪武十五年，直接听命于皇上，可以逮捕任何人，并进行不公开的审讯。在东厂设立后，锦衣卫权力受到削弱。
东厂成立于永乐十八年，是明成祖为了镇压政治上的反对力量而成立。地点位于京师东安门北。东厂的主要职责就是监视政府官员、社会名流、学者等各种政治力量，并有权将监视结果直接向皇帝汇报。依据监视得到的情报，对于那些地位较低的政治反对派，东厂可以直接逮捕、审讯；而对于担任政府高级官员或者有皇室贵族身分的反对派，东厂在得到皇帝的授权后也能够对其执行逮捕、审讯。东厂在设立之初，就由宦官担任提督，后来通常以司礼监秉笔太监中位居第二、第三者担任。
西厂设立于宪宗时期，首领为汪直。1482年后被废。其后又被武宗短暂恢复。
内厂设置于武宗时期，首领为宦官刘瑾，刘瑾伏诛后，内厂与西厂同时被废，仅留东厂。
三公
包括太师、太傅、太保。这些官职都是虚衔，一般授予功劳相当大的大臣以示荣耀。其中太保和太傅名义上是太子的老师，而太师则是皇帝名义上的老师，但实际上辅导太子的机构是詹事府。詹事府下设两坊、一局、一厅。此外还有太医院，专门负责皇室人员的健康和医疗。太医院附属有生药库和惠民药局。翰林院作为政府的官方学术最高机构，地位相当重要，甚至在政府中都有相当大的影响力。翰林院首长是翰林大学士，此职位者经常会同时兼任内阁大臣。
诸司
指不属于各部院的司。主要指通政司和行人司。通政司负责传递公文，公告周知。行人司负责到地方上颁诏谕及赴外国作使臣。
外三监
包括国子监、钦天监、上林苑监。钦天监负责观测星象。国子监是当时的最高官方教育机构，有祭酒一人，司业一人，监丞一人，博士五人，助教十五人，学正十人，学录七人，典簿一人，典籍一人，典馔两人。上林苑监负责掌管皇帝的御花园，畜牧场与菜圃。
内十二监
为宦官衙门。事实上只有在这些衙门工作的宦官才是太监。包括司礼监、内宫监、御用监、司设监、御马监、神宫监、尚膳监、尚宝监、印绶监、直殿监、尚衣监、都知监。以司礼监最为重要，监内的提督太监主管宫内一切宦官礼仪刑名。而秉笔太监在宦官极端专权时竟代替皇帝批公文。此外还设有四个司（惜薪、钟鼓、宝钞、混堂），八个局（兵仗、银作、浣衣、巾帽、针工、内织染、酒醋面，司苑），合为内官廿四衙门。宫女也有六个局（尚宫、尚仪、尚食、尚寝、尚功等），每个局下设四个司。
军队
明代早期军队的来源，有诸将原有之兵，有元兵及群雄兵归附的，有获罪而谪发的，而最主要的来源则是籍选，亦即垛集军，是由户籍中抽丁而来。除此之外尚有简拔、投充及收集等方式。此外，明朝中期以后又有强使民为军的方式，不过都属于少数，整体而言，卫所制仍然是最主要的军制。
卫所制为在全国各地军事要地设立卫所注军，卫有军队五千六百人，其下依序有千户所、百户所、总旗及小旗等单位，各卫所都隶属于五军都督府，亦隶属于兵部，有事从征调发，无事则还归卫所。
军队来源为世袭的军户，由每户派一人为正丁至卫所当兵，军人在卫所中轮流戊守以及屯田，屯田所得以供给军队及将官等所需。其目标在养兵而不耗国家财力，但明宣宗以后渐无法维持，军人生活水平及社会地位日渐低下，逃兵也逐渐增加，军备因此逐渐废驰。
因此在嘉靖年间，在应付倭寇之乱时，将领戚继光在浙江地区采用招募民兵加以训练的方式，来取代不堪的卫所兵。正因为明朝正规军卫所军的不堪用，所以这些民兵在明朝后期逐渐成为维持明朝有效统治的作战部队，而其中最为有名的就是戚继光的戚家军，李如松的私人部队辽东铁骑，及袁崇焕所召募的关宁军。
经济
明朝初年，由于多年的战争与元末政府的巧取豪夺，经济近于崩溃。
