首先，森有礼认为，创办高等教育必须以满足国家的需要为目的。他说：“学校行政上必须铭记的是并非为学生而办学校，而是为国家而办学校。”[41]换言之，学校的一切工作都在于为国家服务；当学校利益和国家利益发生矛盾时，应以国家利益为重。以这种思想为指导，森有礼要求大学必须绝对地服从国家领导。在管理体制上，以国家办学为主；在办学模式上，以国家需要特别是以国家的经济状况为依据。为了实现这种理想，在1886年3月颁布《帝国大学令》时，森有礼对东京大学进行了彻底改革。按照国家办学为主的思想，他先将东京大学更名为“帝国大学”；根据以国家需要特别是以国家经济状况决定办学模式的思路，他又对东京大学的结构进行了大幅度调整。原东京大学只设法、医、文、理4部，以开展学术研究和培养高级管理人才、技术人才为目的。而帝国大学则由大学院（研究生院）和法、医、工、文、理5个分科大学组成。其中，大学院以专门研究学术和攻克技术奥秘为目的，旨在造就高级学术人才；分科大学以教授学术、技术的理论及实用知识为目的，旨在培养高级管理人才和技术人才。与原东京大学相比，帝国大学在结构上增加了工科大学和居于法、医、工、文、理5个分科大学之上的大学院；在功能上增加了高级工科人才的培养和更加突出了学术研究的地位。帝国大学的创立，一方面可通过培养高级学术人才为日本的进一步发展开辟道路；另一方面又可通过培养高级管理人才和技术人才推动日本的进一步发展。所以，更加适合“地位并不太高，国力并不太强”[42]的日本的需要。帝国大学也因此成为日本近代大学的典范。
其次，在办学方法上，森有礼认为，高等学校要实行教学和科研相结合，研究学问要有学术自由。他把教学和科研视为大学的两个翅膀，教学是科学研究的基础，科研又反过来促进教学水平的提高。两者相互依存，缺一不可。为促进教学和科研水平的提高，森有礼效仿德国柏林大学，提倡尊重学术自由。森有礼认为，这是柏林大学成功的经验，对日本特别是对帝国大学有着重要的借鉴意义。但森有礼反对无限制的学术自由。在他看来，不管大学的学问多么高尚，都不能无限制地充分自由，因为创办大学的目的是为了国家，所以国家和大学之间自然应有高下之分，也就是说，大学的学术自由应该是不超越国家需要界限的自由。对此，森有礼曾有过明确的论述。他说：“政府慎重地设立了文部省，要以学政之责，又借助国库之财力维持学校，毕竟是为了国家，故学术之目的，也必须完全为了国家，诸如在帝国大学里掌管教务，当遇到为学术还是为国家时，务必以国家放在优先地位而以高度重视。”[43]为确保这种相对的学术自由，森有礼在帝国大学设立了最高权力机构“评议会”，规定评议员一律由文部大臣任命，并定期向文部大臣汇报。森有礼的这种既提倡学术自由又将学术自由严密置于国家领导之下的做法，再度表明其国家主义教育思想的实质。
再次，在教学内容方面，森有礼也有其独特的理解。他把大学的教学内容分为两种，即纯正学和应用学。其中，“纯正学专门研究事物的真理；应用学是研究实用学问的。纯正学以培养硕士、博士等国家高级人才为目的，而应用学则以培养从事专门职业的人为目标”。但是，无论是哪一种学问，都不能仅仅“为了学术而学术，而要为了国家而研究学术”。[44]森有礼在批驳欧洲国家某些大学游离政治和国家之外而仅仅把自己视为真理殿堂时说，与其为真理而真理，不如以应用和实用为学问的生命。只讲事物之理，难免脱离社会实际，这就像读书作文但却不付诸实践一样。以这种思想为指导，他在对东京大学进行改革时，强调把实用作为设置课程的原则，注意增设与社会密切相关的人文学科和国家急需的应用学科。森有礼坚信，只有讲授这些实用的学问，才能保证日本迅速地从三等国进入二等国，再从二等国进入一等国，最终在世界上居于前列。
最后，森有礼十分重视大学中的体育。他说：“根据我的考察，现今我国最缺少的是具有强壮身体能力的人。”[45]为扭转这种状况，他第一次把军事训练纳入日本的大学教育之中，他在帝国大学专门设置了体操训练所，聘请美国教师，进行步兵训练。他希望通过这种兵式训练方法把体育与日本的武士道传统结合起来，培养学生的健壮体格和勇武精神。其实，重视体育是森有礼很早就有的想法。在他出任驻美公使时，他就觉察到日本人的体质太差。森有礼重视体育教育的思想，不仅表现在大学里，也表现在其他各级教育之中，成为日本近代学校重视体育的开端。
四、论师范教育
森有礼除重视大学教育外，第二位重视的就是师范教育。他认为，培养国家领导者与培养教师都关系到国家的未来，是重要而又关键的大事。在1885年视察埼玉县师范学校时，森有礼曾对该师范学校教职员明确指出：日本帝国要向一流国家迈进，必须振兴普通教育，而欲振兴普通教育，应先振兴师范教育；如果没有师范学校培养出来的良好教师做保证，国家富强将成为泡影。他要求教师不仅应该具备渊博的知识和熟练的教育、教学技巧，而且应该是一个“善良”的人，特别是要具备驯良、信爱和威重三种气质。
为了培养这种符合帝国需要的教师，森有礼通过颁布《师范学校令》，建立了一个很独特的师范教育制度。这个师范教育制度的特点是：第一，师范学校有自己的体系，分为寻常师范学校和高等师范学校两级。前者招收高等小学校毕业生，每府县各设一所，以当地地方税作为学校经费；后者招收寻常师范学校毕业生，只在东京设立一所，其经费由国库支出。第二，师范学校有一个严密组织的课程。师范学校的学生不允许按照自己的兴趣和爱好选择学科，而必须根据国家的需要按规定学习。第三，师范学校学生可享受助学金，但毕业后必须到指定的教学岗位去工作。此外，森有礼还特别重视对学生进行军事体操和兵营式训练。他把这种训练看成是锻炼“气质”的最好办法。自从颁布《师范学校令》后，师范生都过寄宿生活，接受兵营式的训练与管理。
森有礼认为，只有依靠这种具有家长式特点的师范教育制度，才能把那些优秀青年训练成符合国家需要的“合格”教师；然后，再通过他们在全国各地学校的工作，去进一步形成日本统一的民族意识。
森有礼对国家教育制度、高等教育和师范教育的论述，在日本近代教育思想史上占有十分重要的地位。以这种思想为指导而于1886年建立起来的国民教育制度，为日本培养了大批既懂科学技术又忠于天皇制国家的“驯良臣民”。森有礼也因此被称为“日本近代官办教育的最高设计者”。但是，由于他过分强调国家主义和压制个人天性，也为日本近代教育的发展埋下了隐患。后来，日本教育沦为政治的附庸和最终变成推行军国主义的工具，与此皆有密切关系。
