森有礼的教育思想是这三个要点的“统一”。为了把他的理想变为现实，他拟订了一个全新的国民教育制度计划。在这个计划中，“学术研究”和“教育”被严格地区分开来。森有礼认为，“学术研究”与“教育”是不同的。“学术研究”的目的在于“深入钻研事物的真理”或“培养将从事实际工作的那些人”，“帝国大学是学术研究的场所”；对比之下，“教育”的目的则是要“训练人们，使每个人都完全理解他作为一个日本国民的义务，修身养性，成为有资格享受福利的人”，“中小学是教育的场所”。[40]
以这种观念为基础，通过颁布《学校令》，森有礼主持建立了当时日本“双轨制”的国家教育制度。一方面，在3年或4年的义务初等教育中，仅限于教授读、写、算，而且特别强调灌输日本传统的伦理道德观念和培养学生忠于国家、家庭和社会的品质。另一方面，帝国大学处在教育制度顶端，垄断科学，积极采用西方的现代文明，培养英才以从事现代技术和组织管理工作，而且，即使作为探究事物真理的场所的大学，其行为受到政府的严格控制。例如，《帝国大学令》第一条规定，帝国大学只允许教授并深入研究符合国家需要的科学和技术。这样，在日本的教育制度中，从小学到大学就都充满了浓厚的国家主义色彩。
为保证这种“双轨制”的国家教育制度的顺利实施，森有礼特别重视两个因素：一是师范学校的教育；二是培养英才的学校教育体系。森有礼认为，师范学校不同于其他教育机关，它既是一个相对独立的学校群体，又与广大中小学校有着密切的联系。师范教育的成功与否，不仅关系师范学校自身的成败，而且关系到中小学教育的成败。只有办好师范教育，才能保证灌输国家意志，从而形成全体国民统一的民族意识。师范教育是在中小学中实施“教育”的保障。与此同时，培养英才的学校教育体系则是学生进入帝国大学的通道，是他们升入帝国大学并在那里开展“学术研究”的必经之路。培养英才的学校教育体系由中学、高等学校和帝国大学组成。这是1886年在森有礼的亲自主持下建立起来的。在此以前，日本没有形成连接中学和帝国大学的稳定途径，那时普通中学一直是随意设置的，并且在质量上差距很大。后来，森有礼通过每县只许设一所中学的办法对普通中学进行选拔，并指定在七个地区建立高级中学（后来改为高等学校），填补了这一空白。在森有礼看来，培养英才的学校教育体系在日本教育制度中占有“主系”的地位，其他高等教育的国立教育机关和公立教育机关以及私立学校都被置于“旁系”的位置。这种培养英才的学校教育体系的基本特征是，所有的学生首先要在小学被教育成为“忠诚的国民”，然后根据“才能”程度被吸收到高一级的学校中去。这就能使大量被认为适合于国家需要的人才被吸收来担任政府的公职，并且使这个按照学校教育程度划分为阶层的社会更接近于一个以才能为基础的社会。
森有礼认为，这样的国民教育制度才是最适合日本需要的教育制度。通过它，既能不断培养出有资格影响社会思想的领袖，如行政机构的高级官员、工商企业的经理和科学方面的专家；又能把广大民众培养成为具有根据自己的才能忠实而勤勉地为国家服务的健全意向的人。
三、论高等教育
关于高等教育的论述，在森有礼的教育思想中占有极其重要的地位。在其所拟订的国民教育制度中，大学被置于培养英才的学校教育体系的顶端，是学生接受最高教育的场所。从国家主义教育立场出发，森有礼赋予高等教育以全新的内涵。
