与哲学讨论中将科学主体悬置与遮蔽起来的做法相反，那些与实证科学联系较多又试图说明某些科学历史现象的研究，倒是对科学主体本身展开了更多的关注与说明。尽管这些关注与说明起初是“各自为政”的，并且没有什么明确的纲领或原则，但其客观效果是明显的，并且促成了科学历史研究中的“认知转向”，为科学哲学中的自然主义学派的形成奠定了基础。
在早期的研究中，一些哲学家、科学家常常将科学研究、科学历史研究与经验的心理学联系起来。例如，奥地利著名物理学家、数学家和哲学家恩斯特·马赫（ErnstMach）就提倡一种有着心理学倾向的认识论。他说：“我们将不需要超越经验给予的东西来满足我们的愿望。如果我们能把研究者的行为特征还原为事实上可以观察的物质生活和心理生活的特征，即还原为在实际生活中，在人民群众的行动和思维中也能重新出现的那些特征，如果我们能够证明，这种做法确实会带来实践的和理智的收益，那就将使我们心满意足了。”[40]他认为，科学思维是由最初的简单生命现象开始的那个连续的生物学发展系列的最后一个环节。正是在这种意义上，他拒绝承认自己是传统意义上的哲学家。这种“拒斥”形而上学，注重实证研究的倾向，影响了其他许多自然科学家。
还有一些学者从自己的专门领域出发，讨论科学认识论和科学主体问题。例如，英国著名物理化学家、哲学家迈克尔·波兰尼（MichaelPolanyi）在其《个人知识》一书中就写道：“我的探讨从拒绝科学的超脱性理想开始。这种虚伪的理想在诸精密科学中或许无害，因为在那里科学家们事实上对它视而不见。但是，在生物学、心理学和社会学中，我们将看到它施加的毁灭性影响，……我要确立另一种相当广义的知识理想。”[41]这种理想包括“使科学的全景图在关于具有丰富思维的人的生物学中全面展现出来”[42]。又如，德国哲学家、《进化认识论》一书的作者格哈特·福尔迈（GehardVollmer）从时代的高度出发，清晰地看到了生物科学尤其是感官生理学、遗传学、进化论与行为研究等给予认识论的实质性的影响，认为进化认识论的中心命题，就是探讨主体的认识结构和认识能力问题。
随着研究的深入，一种“自然化”的认识论呼之欲出。20世纪60年代，美国著名哲学家、逻辑学家奎因（，也译为蒯因）提出了“自然化的认识论”。按照奎因的说法：“认识包含在自然科学中，并且自然科学也包括在认识之中。”[43]也就是说，所有的事物都是自然现象的一部分，都是可以用自然科学的方法加以说明和描述的，在认识自然的过程中，认识本身也同样可以用自然科学的方法加以研究。当然，在奎因最初的设想中，自然化的认识论更多的只是一种哲学理论和哲学方法论，更多地是指一种关于研究对象的总的进路而不是具体的学说，并且这种认识论是通过它所反对的而不是赞同的东西来表明自身的态度和具体特征的。例如，它反对历史上超自然主义和先验知识体系所构成的一切东西。这种哲学设想和研究范式虽然没有将自己局限于历史上的科学家所说和所做的事情，但它确实给科学的运行提供了理论说明。[44]在当代，奎因所倡导的这一研究范式已经成为一种倾向、一股潮流、一项运动。
