托马斯·阿奎那首先做的工作是从原始资料入手，查阅和研究了大量的亚里士多德的著作，并写下了大量的、根据亚里士多德思想阐发的、有利于基督教的观点和注释的著作。在这些著作中，托马斯·阿奎那频频引用亚里士多德的言论，熟练地引用亚里士多德的命题，俨然成为一个注释和解说亚里士多德哲学的思想权威，使得教会内部和外部的亚里士多德的追随者也望尘莫及。在充分研究亚氏著作的基础上，托马斯·阿奎那大胆运用亚氏的概念、原则和方法改造和补充基督教哲学，对基督教哲学的传统理论和困扰经院哲学的主要问题进行重新解释和有力论辩。
关于“先信仰后理解”的观点，托马斯·阿奎那认为，这种主张信仰在先、理解在后的原则在新的形势面前是缺乏说服力的。因为在亚里士多德的思想影响下，理性已经显示出了巨大的威力，再一味排斥理性，无视理性的认识力量是不明智的。因此，应当使理性与信仰协调起来，让理性阐明信仰和证明信仰，这比放弃理性，为了信仰而信仰更有利于基督教哲学的发展。
关于“灵魂实体说”，托马斯·阿奎那放弃了奥古斯丁“先验论”的主张，而采用了亚里士多德的灵魂学说，认为灵魂与肉体相结合进行认识具有真实性和合理性。在他看来，人的灵魂具有不同的职能和能力，如感觉的能力和智慧的能力。凭借这种能力，灵魂可以以不同的方式发挥作用。通过感觉的能力，它可以接受个别事物，接受个别事物的“种”；通过智慧的能力，它可以把感觉的摹本塑造成可理解的摹本，接受可理解的“种”。托马斯·阿奎那还认为，通过感性认识和理性认识两个阶段所形成的理性认识，其最重要的功能是证实信仰，因而，理性是不会反对信仰的，只能是为信仰服务的。
“双重真理说”，是异教阿威罗伊学派主张的观点，他们肯定哲学真理，对抗信仰真理，认为哲学真理是真理的最高形式，主张哲学独立于神学，摆脱神学的束缚。对此，托马斯·阿奎那坚持调和论的观点。他认为，赞成哲学反对信仰，或者拥护信仰排斥哲学的观点都是不可取的，是一种偏激的观点。托马斯·阿奎那认为，为了理性而放弃信仰，或是为了信仰而放弃理性都是对自我和基督教精神的一种背叛，最终都会损害上帝的形象和对上帝的认识。他承认理性和信仰是有区别的，从认识的层面来看，哲学是由事实到上帝，神学是由上帝到事实。但他指出，从终极层面来看，作为哲学的理性和作为神学的信仰，都是与上帝有关并属于上帝的。由于上帝是各种真理的共同源泉，即终极真理，因而，理性和信仰二者之间是可以统一的，最终统一到上帝上来。当然，神学与哲学是有根本区别的，即神学高于哲学。阿奎那认为：“神学可能凭借哲学来发挥，但不是非要它不可，而是借它来把自己的义理讲得更清楚。因为神学的原理不是从其他科学来的而是凭启示直接从上帝来的。”[23]经院哲学的发展可以不排斥理性的存在，而应该利用理性的力量来完成对信仰的论证，从而促进基督教的发展。
