托马斯·阿奎那的经院哲学思想是建立在亚里士多德的哲学思想基础上的。12世纪以后，随着东方阿拉伯文化向西方基督教世界的渗透，亚里士多德的著作及其思想通过阿拉伯哲学家的介绍，开始为西方所认识，并通过中世纪大学的宣讲，得到迅速传播。我们知道，西方基督教哲学主要是以柏拉图的神秘主义哲学思想为基础的，它与亚里士多德主义的区别主要在以下三个方面：柏拉图的神秘主义哲学主要强调“两个世界”论，即理念世界和现实世界，认为前者是真实的，后者是虚假的；“灵魂在先”论，认为灵魂先于肉体存在，灵魂和肉体结合以后才能成为一个人；“灵魂实体”论，即灵魂是独立存在的，肉体死亡以后，灵魂可以离开肉体，回到理念世界。亚里士多德的思想主张则如下：“形式质料”论，认为形式和质料是不可分的，形式不脱离事物，而在事物之内，因而不仅要重视精神世界，还要注重物质世界；“灵魂肉体不可分”论，认为人是由灵魂和肉体组合而成的一个统一的实体，灵魂是肉体的形式，灵魂本身不是一个完全的独立体，它必须与肉体结合才能成为一个独立的实体；“感觉经验”论，认为人的知识来源于自然界和感觉经验，自然界和感官世界是实在的世界，是可以信赖的世界，是我们研究和了解的对象。人通过对感官经验的理性抽象，形成概念，上升到科学。正因为如此，托马斯·阿奎那看到了亚里士多德思想可以弥补奥古斯丁主义思想局限的特点，并利用和改造亚里士多德的思想，开始从事批判和改造奥古斯丁主义局限的工作，使西方基督教哲学的发展进入了一个新的阶段。
但在当时，亚里士多德的思想并不是一下被人们所接受的，甚至在教会内部也遇到了强有力的抵制。1209年，巴黎宗教会议在巴黎大学宣布，教师不得教授亚里士多德的哲学，凡依附于亚氏学说的，一律开除教籍。命令还严禁私下抄录、阅读或以某种方式保存亚里士多德的著作。1210年，基督教教会最高当局亲自发布命令，宣布亚里士多德的《物理学》为禁书。1215年，基督教又宣布《形而上学》为禁书。但是，这些禁令并没有阻止亚氏思想的传播。在法国的巴黎、英国的牛津以及意大利等地，许多人都以信奉亚氏的思想为荣，把亚氏的思想或言论当成自己立场和观点的依据，甚至一些大学干脆将设置有关亚氏的讲座当作吸引学生就学的重要手段之一。在反对和拥护亚氏思想的斗争中，逐渐形成了两个尖锐对立的派别。一个是依附于亚氏思想、拥护阿威罗伊学派的巴黎大学神学教授西格尔，他赞同世界永恒性和灵魂可朽的命题，坚持双重真理说，肯定理性真理，反对信仰真理，主张哲学独立于神学，摆脱神学的束缚。另一个是科隆大学的神学教授、被称为“全能博士”的大阿尔伯特，他坚持灵魂实体不变和不朽的观点，并试图调和灵魂和肉体的关系，认为“只有同时理解柏拉图和亚里士多德的人才是最完善的哲学家；如果我们研究灵魂自身，我们追随柏拉图；如果我们把灵魂看作激活身体的原则，我们同意亚里士多德”[22]。他反对西格尔的使哲学脱离神学的“双重真理说”，主张哲学和神学都来自上帝之光。对于这场争论，托马斯·阿奎那认为应当重新认识基督教哲学的思想基础。在他看来，柏拉图学说虽然符合基督教教义，但已经不适用新的情况；亚里士多德的学说虽然有与神学相抵触的地方，但其有利于神学的方面大于其不利的方面。为宣传和让人们认识亚里士多德的思想，并把亚氏的思想作为自己经院哲学重要的思想基础，托马斯·阿奎那进行了不懈的努力。
