对经院教育和教学的不满，使罗吉尔·培根形成了从《圣经》出发，改革经院教育和教学的思想。他指出，基督教教育的主要目的是更好地理解和宣传上帝的智慧。他认为，一切人类知识都有一个共同的根源，即神圣的经典——《圣经》。《圣经》揭示的上帝的智慧后来分化出三门学科：神学、教会法和哲学。神学直接宣扬上帝的智慧，是最完善的科学。教会法和哲学对《圣经》的阐述也能产生出神圣的真理。针对经院哲学存在的问题，罗吉尔·培根的改革主要把重点放在哲学方面。在他的《大著作》中，他提出了一个新的具有理性精神的学术改革计划。在这个计划中，他把哲学分为数学、语言学、透视学、实验科学和伦理学5个部分。[8]
关于数学，罗吉尔·培根认为数学是最基本的科学，是“其他科学的大门和钥匙”。他提出5项理由来说明数学的重要性：数学是其他科学的基础，其他科学都以数学为模式；对数学的理解是天赋的，数学的学习不依赖于经验；数学是由易到难学习学问最自然的途径；数学是人和自然共同所知的对象；利用数学可以达到没有错误的完全真理以及在各方面都无可置疑的确信。罗吉尔·培根关于数学科学的论述为在人类生活和研究自然中利用数学提供了有利的条件。
关于语言学，罗吉尔·培根认为，语言是一切学科表达和传递的方式，主张语言学中语法的研究不应只限于拉丁语，还应考虑到拉丁语的母语以及各种语言，如希伯来语、希腊语与拉丁语的关系。罗吉尔·培根关于语言学的论述，为各种语言之间的相互借鉴、翻译提供了条件。
关于透视学，罗吉尔·培根认为，透视学与光和视觉有关。透视学可以从光的本性和人的感官结构两方面说明人的视觉。罗吉尔·培根根据透视学原理，首次提出了望远镜的设想。他还使用分析方法，把感觉对象分析成29个感觉要素，认为感觉可以分为“专门感觉”和“一般感觉”。“专门感觉”是指每一感官的单独感觉，包括视觉、触觉、听觉、嗅觉和味觉。“一般感觉”指专门感觉的复合，包括距离、位置、体积、形状、大小、连续性、单独性、数量、运动、静止、粗糙、光滑、透明、厚度、阴影、模糊、美丑、近似、差别等。罗吉尔·培根还对感觉由简单到复杂，最后到对事物的判断的感性认识过程做了详细的分析，为后来近代的经验论者分析事物提供了明确的思路。
