托马斯·阿奎那在巴黎大学的教学和辩论活动，尽管遇到了各种阻力，也遭到教会内部人士的反对，但却使得基督教神学原来的颓势开始发生新的转机。托马斯·阿奎那的成功，使得教会人士看到，亚里士多德主义与柏拉图哲学一样，可以为基督教所用，并且重新确立基督教的权威。1259年春，出于对托马斯的赏识，教皇亚历山大四世把托马斯召回意大利，让他任罗马教廷神学顾问，确立了托马斯·阿奎那作为神学的最高的学术和理论权威的地位。尔后，托马斯·阿奎那一直为历届教皇所器重。在这一时期，托马斯·阿奎那主要是在教廷任职，并到意大利的维坦博、奥尔维埃托、罗马、贝鲁莎、阿纳尼等地讲学。在意大利讲学的这一时期，托马斯·阿奎那完成了一项重要的著述任务，即《反异教徒大全》（SummaContraGentiles）的撰写。这部书实际上是与托马斯·阿奎那的前期工作分不开的，书中的前54章是在巴黎大学讲学时写的，其余的部分是在意大利期间完成的。全书分4卷，每卷100章左右，共462章，大约40多万字。关于写作此书的目的，托马斯·阿奎那认为是要“竭尽全力弘扬公教信仰所宣布的真理，驳斥与之相反的谬论”，使异教徒皈依基督教。为此，必须借助“人们都信赖的自然理性”，利用这些“理性所探究到的真理”去排除错误。同时，要使“理性所证明的这些真理同基督教的信仰互相协调一致”。该书的主要特点如下：公开、大量地把亚里士多德的学说融入基督教的教义中，为基督教的各种神学命题做辩护；放弃了对原有的宗教假定的“自明真理”不进行论证的传统做法，对基督教神学重新进行了没有宗教假定的、详细的论证；适应社会现实发展的需要，调和自然与超自然、理性与信仰的矛盾，强调二者是统一的，基督教的信仰是建立在理性的基础上并承认理性的地位的；注重综合和分析的运用，并在论证中充分地表述自己的观点。
1268年，托马斯·阿奎那又奉多米尼克修会总会长之命，再次赴巴黎大学主持神学讲座，并与以西格尔为代表的阿威罗伊主义派别展开了激烈的论战。直至1277年，教皇指示严禁阿威罗伊主义在校园传播，才结束了论战。尔后，托马斯·阿奎那又专攻巨著《神学大全》的写作。托马斯·阿奎那的这部代表作开始于1265年（或1266年），历经10多年，直到他去世，只写出三部分。1274年，教会决定在法国里昂召开会议，以调解西方拉丁教会与东方希腊教会的矛盾。托马斯·阿奎那奉命赴会，但在途中一病不起，于3月7日逝世。托马斯·阿奎那去世后，他的一些学说曾遭到攻击，但最终罗马教会确认了他的地位。1323年，托马斯·阿奎那思想被奉为正统，其本人也获得“圣徒”“圣师”“天使博士”“哲学导师”等各种光荣称号。19世纪末，罗马教皇利奥十三世钦定托马斯·阿奎那的学说为罗马官方的神学和哲学，要求世界各地的神学院和教会学校教授和学习。托马斯·阿奎那的教育思想也成为基督教教育思想的重要组成部分。
二、托马斯·阿奎那的《神学大全》
《神学大全》（SummaTheologiae）是托马斯·阿奎那重要的代表作，是基督教一部经典的神学专著。尽管这部巨著没有写完，但该书充分体现了作者完整的思想和理论体系。因而，该书享有基督教第一部百科全书的美称。
