托马斯·阿奎那走向社会、从事教育活动的时期，正是他经受种种考验和磨难，初步得到教会认可的时期。在当时的欧洲，社会各个方面的情况还是相当复杂的，不仅有王权与教权的争斗，在教会内部还有教皇和地方教派以及不同教派之间的争斗。后者的矛盾主要集中在是以原有的柏拉图主义哲学为理论基础来阐述教会哲学，还是以当时新出现的亚里士多德主义为基础来阐述和发展教会哲学的问题上。大阿尔伯特向多米尼克总会长推荐托马斯时，曾高度评价托马斯·阿奎那对亚里士多德学说所具有的较深的造诣。托马斯·阿奎那本人也深信亚里士多德的学说比较接近真理，不仅可以为教会所利用，而且还可以促进教会事业的发展。托马斯·阿奎那正是肩负着这样一种重托和满怀着这样一种神圣的信心来到巴黎大学的。但当时的巴黎大学并不是为托马斯·阿奎那准备好一切的。首先，受教皇直接领导和委派的多米尼克修会的会士，虽然拥有凌驾于本地神职人员之上的优越地位，但容易引起与本地神职人员之间的冲突；其次，当地的神职人员教师对多米尼克修会会士来校主持神学讲座表示强烈的不满，因为主持神学讲座便意味着拥有讲解神学的最高权威；再次，巴黎大学尽管也受到亚里士多德思想的影响，但坚持柏拉图主义、反对和排斥亚里士多德学说的教会保守人士仍有一定的势力。面临着这么多的挑战，进入巴黎大学的托马斯·阿奎那只能把自己的立足点定在教学的成功上。
在当时，神学院的教学主要是讲解《圣经》和《箴言录》，采取的方法主要是宣讲和辩论。宣讲时，教师在台上念一段经典著作，然后逐字逐句进行分析，同时举出一些问题加以解答。辩论时形式多样，也比较隆重，经常出现师生一问一答的对峙局面。托马斯·阿奎那到了神学院后，头两年主要讲解《圣经》，后两年讲解彼得·伦巴德的《箴言录》。为了在教学上站稳阵地，通过教学阐发自己的信仰和争取师生对自己的支持，托马斯·阿奎那对《箴言录》进行了详细的注释，并在注释中加以论证，阐明自己的观点。经过艰辛的工作，托马斯·阿奎那将原来30万字的《箴言录》，扩展为200多万字的巨著，名为《彼得·伦巴德〈箴言四书〉注释》。在这部巨著中，托马斯·阿奎那不仅引用教会历代的经典著作，也采纳了亚里士多德的观点，其突出特点是一改过去沿用的奥古斯丁的柏拉图主义的先验论，而采用当时流行的亚里士多德主义，特别是其自然哲学思想，强调感性经验和客观现实，注重理性认识和后天证明，对基督教教义进行新的论证。在教学中，托马斯·阿奎那以其流利的口才、新颖的思想和清晰的论证，很快吸引了学生，受到热烈的欢迎。但托马斯·阿奎那的做法却遭到教会内部人士的强烈反对，他们指责托马斯·阿奎那借用教外的亚里士多德主义，篡改基督教教义，标新立异，损害教会传统思想。在地方势力和保守势力的联合夹击下，托马斯·阿奎那于1254年被迫离开巴黎大学的讲坛。
