从当时哲学的主要论战来看，邓斯·司各脱是站在坚持哲学研究的对象不是上帝的立场上的。在这个问题上，他认为，11世纪、12世纪的伊斯兰哲学家阿维森那和阿威罗伊是有争论的。“阿维森那主张上帝不是形而上学的主题，因为一门学科并不证明其主题的存在。可是，形而上学家们却证明上帝的存在。……阿维罗伊反驳阿维森那，证明上帝和纯精神都是形而上学的主题。”[22]邓斯·司各脱是站在阿维森那一边的，在他看来，对一个学科来说，它的对象是先于该学科存在的。论证某一对象的存在不是该学科的事情，而是其他学科的事情。因而哲学如果以上帝为对象，就不应论证上帝的存在。由此，上帝也就不能成为哲学的研究对象。
从认识论的角度，邓斯·司各脱也认为上帝不应成为哲学研究的对象。他认为人的理智能力是有限的，只能认识与人理智能力相关联的对象，如视力与颜色有关，听力与声音有关。人的理智只能通过感官认识感性世界，不能认识超感性的上帝的存在，上帝只能成为神学的研究对象。在邓斯·司各脱看来，神学把上帝作为最高的存在预先接受下来；神学也不需要人的理智去认识上帝，它仅凭信仰和启示就可以把握关于上帝的真理。因此，哲学是一门独立的学科，不应从属于神学。
邓斯·司各脱认为，哲学的研究对象是“存在”，或“一般的存在”。对于“存在”，亚里士多德曾为形而上学规定为“存在之为存在”，但到了中世纪，“存在”已等同于“最高存在”的上帝，几乎所有的哲学家都承认上帝是无限的存在，是“存在之为存在”。上帝成为人们认识的首要对象。邓斯·司各脱指出，在一定意义上“存在之为存在”是人的理智的认识对象，但在一定情况下又有不同。这可以从三个方面来理解。首先，“存在之为存在”是一个适用于一切事物的最普遍的概念，它是离开了事物个别的、具体的规定性的存在。从实际情况来看，人们认识事物的顺序不是先普遍后具体的，而总是先认识个别的具体的存在物。其次，“存在之为存在”作为普遍的概念，它的内容是空泛的，它使得理智不能精确地规定“存在”的意义，而只有具体事物的存在，人的理智能力才能很好地把握。他举例说，只知道词的一般意义时，对象是含糊地被认识的，只有当给出词的定义时，对象才被明确地认识。最后，认识存在是合于人的理智本性的。他认为人的理智不能像上帝那样把握事物的本质，人只能在“存在”的框架内探讨事物的本质。
总之，在邓斯·司各脱看来，人的理智依其本性，或者从逻辑上来说必然以“存在之为存在”为首要对象，但在时间上和认识顺序上，人的理智首先认识的是具体的、个别的事物。人的理智能理解“存在”的一般意义并不等于认识到具体的存在事物。当然，他又强调，对存在一般意义的理解，有助于认识具体存在的事物。这样，我们可以看到，虽然邓斯·司各脱没有放弃对一般存在意义的认识，但在他的思想中，认识具体事物的存在已经占有重要的地位。
