伊本·西那认为，灵魂和肉体是并存的，而且两者密切相连，不间断地相互协作。没有灵魂就没有肉体，因为灵魂是肉体生命之源，是肉体运动、感觉的动力源泉，是肉体生命力之所在。反之，没有肉体也没有灵魂，因为灵魂是随肉体的产生而产生的。但灵魂与肉体并不是因果关系。在论述灵魂的本质时，伊本·西那提出，灵魂是一种单纯的本质。[82]它是超越物质的，是不灭的。他认为灵魂不同于肉体，例如人的躯体和器官在40岁以后便停止发育并开始萎缩，而灵魂的潜能却恰恰相反，如人的认识、思维、判断的能力在40岁之后反而表现出更健全和强大的倾向。所以灵魂完全不同于肉体，否则它在40岁以后也应该衰退。伊本·西那也看到年迈者或病人所表现出的健忘、思维力减弱等现象，但他将之归咎于肉体器官的影响。他认为这是灵魂忙于安排肉体而顾不上思维所致。
在灵魂的归宿上，他继承了法拉比的思想，认为灵魂并不随肉体的毁坏而消失，它也不会从一个肉体转向另一个肉体。所以他对“转世说”或“轮回说”持否认态度。伊本·西那还提出灵魂具有个性，其个性特点取决于他的质料，即与肉体结合时的物质灵魂。当肉体消失后，不亡的灵魂仍保留着与肉体结合时留下的个性痕迹。
3.灵魂的功能
伊本·西那提出灵魂具有一定的功能，他称之为“力”。灵魂的功能不是一成不变的，它有一个发展的过程，即由简单到复杂，由低级到高级，由不完整到完整。对此，伊本·西那做了详细的分析。
首先，灵魂具有植物性功能。它表现为消化力、繁殖力和生长力。这类功能关系到人类的生存、营养摄取、发育成长以及通过繁殖达到人类的繁衍。
其次，灵魂具有动物性功能。它表现为能动力、感觉力。感觉力又分为外部感觉力和内部感觉力。外部感觉力是通过五种器官——视、听、嗅、味、触，对外部世界所产生的感觉功能。内部感觉力是通过想象、记忆、模仿等方式由内心支配的感觉功能。
最后，灵魂还具有区别于动物的人性功能。人性功能又可称为灵魂的理智，它包括了实践理智和理论理智。实践理智又叫道德理智，它是指导人实际行为的主动能力，属于实际智能。理论理智是指导人思维的认知能力，属于思辨智能。
伊本·西那是位名医，他在分析人的灵魂时，与医学观点结合在一起。他认为人灵魂的感受功能（植物性功能）是大脑的前部，灵魂的意识功能（动物性功能）是大脑的中部，灵魂的理智功能是大脑的后部。他还提出，人的灵魂从诞生起就形成了，但这时灵魂的功能并不能全部表现出来，它的植物性功能和动物性功能先发挥作用，而它的理智功能，则要经过三个阶段的发展才能表现出来。第一个阶段为理智的原质状态，处于这个状态时，理智本身不能转变为行动。例如，未经启蒙的儿童不能读书、写字，但这也并不等于他不会读书写字。第二个阶段为理智的潜在状态，在这一阶段，它本身具有了转变为行动的条件和工具，但尚未发挥出来。例如，经过启蒙的儿童，会知道简单的道理，像全体大于部分，等于同一个量的两个量也相等。第三个阶段是理智的完备状态，这时的人便有了完全思维和抽象的能力。理智的最后阶段是实践和运用。作为医生的伊本·西那还研究过人的心理疾病，如他描述过一种心理错乱的病症——相思病。这种病的症状是体重和气力消减，并伴有发烧。对这种心理疾病的治疗，应从精神上去解决而不是依靠药物治疗。对其他一些疾病，他也主张用心理疗法配合药物治疗。他认为最好的疗法是增强病人心理和精神力量，鼓励他和疾病斗争，美化环境，欣赏悦耳的音乐，和亲人团聚等。伊本·西那的灵魂功能说剖析了人学习的潜在能力和发展规律，这些思想为中世纪的教育学说奠定了一定的科学基础。
