经院哲学在经历了唯名与唯实不同流派和理性与信仰不同观点的整合与碰撞之后，到托马斯·阿奎那那里实现了不同观点之间的和谐与统一，从而最终构建起完整的经院哲学体系，达到经院哲学发展的顶峰。但同时这也孕育着经院哲学的衰落。现代学界一般将经院哲学等同于烦琐哲学，在争论问题上的无聊与琐碎往往是现代学界对它加以讨伐的主要之处。对此，索尔兹伯里的约翰在总结经院哲学对共相性质问题的讨论时也说道：“解决这一问题的路途如此漫长，连世界在此过程中也将变得古老，花费在这一问题上的时间比恺撒征服世界的时间还要长。”他说这场争论往往陷入咬文嚼字的无谓之争；他发现巴黎的学者们在20年间争论同样的问题，说同样的话，他们没学到什么新东西，也不教人以新东西。[109]这些无疑是中世纪经院哲学之所以受到批判的痼疾所在。但从另外一个角度讲，在整个经院哲学讨论中，尽管权威仍然占据主导地位，而理性主义的兴起以及由此而产生出来的对权威的批判精神却更令人欣喜。这种理性精神的出现，一方面为人主体性的张扬，为人性从神性中解脱出来奠定了基础；另一方面又为后来对真理问题客观性的探讨提供了思想武器，成为后世自然科学内在的精神逻辑。同样，在唯名与唯实之争中所体现出来的方法论和朴素唯物思想的萌芽又未尝不使后世思想受益匪浅。历史尤其是思想史的发展从来不会存在断裂，也许其表现形式各有异同，但前一段对后一时期的奠基是不可否认的。因此从这个意义上讲，中世纪经院哲学尽管有许多不尽如人意之处，但它对后世学术思想的奠基性影响则是巨大的，是渗透于学术思想内在精髓的继承性影响。经院哲学的研究在此意义上也成为学术思想史研究的一个不可逾越的阶段。
