然而内在的善恶用一种什么样的标准加以区分呢？对此，他引用《圣经》里的话说：“你的眼睛若暸亮，全身就光明。”[138]而这种光明就是良心，良心是判断内在意图善恶的一个重要标志。因此他说：“同一个人可在不同时间做了同一事情，而这同一事情有时可称为善，有时却是不善，这皆由于不同内意之故，因而善恶互殊。”内意的善恶的判断依据则在于：“内意的善，不是仅凭外表看来像善，而是真实想来是善才对……罪只是做了违反良心的事。”[139]由此不难看出，所谓“真实的想”即是对良心的衡量与判别，而判别的主体则应当是个体自身，判别的标准则应以至善上帝为标准。因此，阿伯拉尔伦理观的道德主体在这个意义上讲实际上是个人，而不是抽象的人类。只有个体自身的良心判断才是衡量善恶的重要标准，这样个人的主体性在此得到了极大的张扬。
由内意决定论出发，阿伯拉尔认为所谓罪确实侮蔑了上帝或甘向恶投降，而对于那些无知或无力承担道德责任的人来说，即使行为罪的表现，但也不能算是罪，不应受罚。他说：“由于此故，孩提之辈以及天然头脑简单的人，皆不在犯罪之列。因为他们缺乏理性，无功过之可言，所以他们无所归罪。”[140]对于那些虽然屈服于邪恶势力，但只要在内意上不赞同邪恶势力的屈服，我们也不能把它称之为犯罪。他说：“他们可以支配我们的身体，但只要我们的心灵是自由的，真正的自由不会受到威胁。”[141]这样个体的道德选择直接决定了善恶的后果，进一步强化了个体的道德主体性，同时也是对理性在道德评价与道德判断中所起作用的一种肯定。但阿伯拉尔伦理观中道德主体的个体界定和无知者无罪的思想客观上动摇了基督教正统神学的“原罪”观念。因为“原罪”说认为由于亚当的罪过人类全体都犯了罪。如果根据阿伯拉尔道德主体的个体化观点，则亚当如何能代表以后的每一位个体则成为一个矛盾；并且后来的人类对亚当的罪行并不了解，处于无知状态，那么又如何能把亚当的罪归并到后世子民身上呢？阿伯拉尔认为这是不可思议的，他认为不可能设想上帝会因为一个人的父母犯罪而惩罚他。因此他认为人类从亚当处所继承的是一种罪感，而非罪罚，因此赎罪一说实际上是不成立的。由此不难看出阿伯拉尔思想中的理性因素的重要地位。
如果说内意即善恶意图是阿伯拉尔伦理思想的基础和核心的话，那么善恶的表现（意志、欲望）和后果（行动）则是处于这一核心的边缘物。在三者的关系上，阿伯拉尔做了精彩论述，提出用意图决定论反对意欲决定论和后果决定论的思想。
意欲决定论认为意志和欲望是意图或内意的原因，由此阿伯拉尔提出和建立了包括禁欲主义在内的一系列观点。阿伯拉尔认为邪恶的意志或欲望不是犯罪意图的原因，而是犯罪意图的结果。他说：“在没有邪恶意志的情况下也会犯罪，因此罪不能定义为‘意志’。”[142]恰恰相反，罪的产生往往先有犯罪意图，这种意图刺激了邪恶的欲望，由此而产生邪恶的意志，最终使人付诸行动。阿伯拉尔通过对这一犯罪心理过程的分析，指出不能把意志和欲望倒果为因，是意图决定意志，而非意志决定了意图。
