中世纪大学同20世纪大学一样，在与城市市民社会的互动中存在着强烈的爱憎情绪，一方面大学的存在推动了城市的发展与繁荣，而另一方面大量学生的存在又给城市带来了压力和问题。因此在大学与城市社会二者之间不可避免地产生出许多摩擦，导致中世纪大学的教师或学生各自组成相应群体以维护自身权利，从而出现了大学的行会组织。所以中世纪早期大学的自治并非如现代大学是对学术独立的需要，而是现实利益和权利保障需要的产物。这种现象在巴黎大学和波隆那大学中都有着鲜明的体现。
从巴黎大学来看，这种权利保护包括教师权利保护和学生权利保护两部分。教师斗争主要指向教会对办学权利的垄断，而学生主要针对市民社会对其权利的侵犯。因此，巴黎大学是在教俗二者之间同时展开冲突但又能很好保持大学中立地位的典型范例。在中世纪，公民权意味着特殊的经济权利和法律保证，因此在巴黎市民眼中，大部分来自巴黎市外的学生都被视为外国人，即使那些巴黎市郊的学生也不例外。然而，巴黎大学典型的神学特征，使其学生都具有不受市民社会约束的教会特权，如教会内部司法等方面的权利。这样两个不能互相制动的群体之间往往由于房租等民事问题发生冲突与纠纷。在巴黎大学早期历史上有两次大的民事冲突导致了巴黎大学极大独立性的获得。1200年，巴黎大学学生由于和旅店主、巴黎市民发生冲突，遭到巴黎市长带领下的巴黎武装力量的镇压，许多学生受伤，几个学生遇害。事情发生后，巴黎大学上诉当时的法国国王菲利普二世奥古斯都（Philip Ⅱ Augustus），得到法王的大力支持。他颁布法令以保护学生权利将来不受侵犯，并将参与该事件的巴黎市长以侵犯学生权利名义加以监禁。如果说1200年事件是巴黎大学为争取自治向世俗政权寻求保护的话，那么1229年的罢课事件则是向教会寻求保护，从而实现教会与世俗二者之间的相互牵制。在1229年巴黎大学与巴黎市民的一次冲突中，一些学生被捕并被处以极刑，学生感到1200年所赋予的权利并未得到贯彻、落实，所以便通过罢课以示抗议。当时的法国国王路易九世（Louis Ⅸ，1226—1270年在位）年仅15岁，由其母摄政，由于慑服于巴黎市的强权而未能对巴黎大学的权利做出相应的保护。这导致巴黎大学除神学院以外全部解散，大量教师出走。这一事件对教会、巴黎市民和法国都产生了极大的消极影响，为维持教会的神学教育中心地位，教皇格列高利九世（Gregory Ⅸ，1227—1241年在位）于1231年颁布ParensScientiarum（MotherofSciences，科学之母）法令，以恢复巴黎大学，并赋予了巴黎大学许多特权，对巴黎大学多方面的社会生活进行了相应的调整，以使其拥有更大的自主权。1231年法令更为重要的是使巴黎大学获得了教会的认可与保护，使其成为大学与世俗社会相抗衡的重要砝码[58]，但同时也揭开了教会大规模介入大学办学的序幕。
其实早在1170—1172年，教会即因学生权利问题介入巴黎大学[59]。1215年教皇特使、红衣主教罗伯特·德·柯肯（RobertdeCourcon）向巴黎大学转达了教皇的有关指示，这些指示涉及教师资格、教学内容和教学方法以及对学生的管理等方面的内容。[60]教会的介入在很大程度上束缚了巴黎大学的自由发展，尤其极大地限制了教师的权利，因此教师与教会之间的斗争在13世纪成为巴黎大学争取自治的重要表现形式，这被博伊德和金誉为“真正决定大学建立的斗争”[61]。最初，巴黎大学的办学权很大程度上控制在圣母院的教会司法官手中。他拥有教师资格认定权，有颁发授予学位的权利，而且在行政管理和训练方面，教师和学生都必须完全受其管辖。这实际上垄断了巴黎大学从行政到教学等方方面面的权力。为了获得更大的自治权，教师在承认司法官教师资格认定权利的前提下，提出“他们有权确定教师身份的条件，不允许不遵守规章的任何教师加入他们的协会”的要求，遭到司法官的拒绝，由此展开了教师与司法官之间的斗争。这种斗争逐渐向有利于教师的方面发展。1212年教皇英诺森三世发布训令：禁止司法官强要教师宣誓服从，要求对教师们提出来的所有候补者无偿地授予特许证。……取消司法官的监狱，未经教皇明确批准，禁止把大学逐出教会。[62]1231年的“科学之母”法令进一步限制了司法官的权力，剥夺了他的刑事审判权，限制和削弱了其民事和宗教审判权，规定教师有权用停课方式坚持自己的权利，有权制定章程，并可以强迫自己的成员尊重和遵守章程。这种斗争到13世纪末期逐渐式微，教师取得了决定性的胜利，司法官的特权急剧缩小，只在仪式上具有授予特许证的权力。从这时起直到中世纪结束，教师在大学中拥有至高无上的地位。正是由于教师与学生的共同努力，大学自治的传统在13世纪于巴黎大学得以确立，对此博伊德和金曾做出如下评价：“大学在其同城市当局与宗教当局的关系中，在力量方面已经建立了一种不容置疑的地位。”[63]
