在哥尼斯堡大学期间，赫尔巴特撰写了大量著作，主要有：《公共协作下的教育》（Erziehungunter ?ffentlicherMitwirkung，1810）、《声学之心理研究》（PsychclogischenBemerkungenzurTonlehre，1911 ）、《现存观念强度及其持久性心理的探讨》（PsychologischeUntersuchung überSterkeeinergegebenenVorstellungalsFunktionihrerDauerbetrachtet，1811）、《关于教育学的黑暗面》（UeberdiedunkleSeitederP?dagogik，1812）、《哲学概论》（LehrbuchzurEinleitunginPhilosophie，1813）、《心理学教科书》（LehrbuchzurP?ychologie，1816）、《学校与生活的关系》（Verh?ltnissderSchulezumLeben，1818）、《科学的心理学》（1824—1825）、《形而上学》（1829—1829）、《关于心理学应用于教育学的几封信》（BriefeliberAuwendungderPsychologieaufdieP?dagogik）、《唯心主义与教育学的关系》（dasVerhaltnissdesIdealismuszurp?dagogik，1831）等。他试图把教育学建立在心理学基础之上的奋斗目标已大体完成。
由于哥尼斯堡大学在学术自由上受到普鲁士政府反动势力的压制，1833年，赫尔巴特辞去哥尼斯堡大学教授职务，重返格廷根大学讲授哲学和教育学。1835年，他完成了《普通教育学》的续篇——《教育学讲授纲要》（UmriBp?dagogischerVorlesungen），使他的教育理论更趋完整。1840年，他出版了《心理学研究》。
1841年8月14日赫尔巴特病逝，享年65岁。
《普通教育学》是赫尔巴特教育理论体系的代表作，它比较集中地反映了赫尔巴特的教育思想。该书分四部分：绪论部分论述了教师学习教育学的意义、教育性教学、教育目的等问题；第一编论述教育的一般目的，其中以儿童的管理理论为先导，进而说明“真正的教育”问题；第二编“关于兴趣的多方面性”阐述教学论思想；第三编“性格的道德力量”论述了教育与训练意志性格的关系。《教育学讲授纲要》是对它的补充与发挥。
二、裴斯泰洛齐与赫尔巴特
有的学者认为，赫尔巴特的教育学说是构建在裴斯泰洛齐理论基础之上的，同时又对裴斯泰洛齐思想做了进一步的补充。确实，赫尔巴特的一些教育观点，特别是在他早期，吸收了裴斯泰洛齐的思想。但是，赫尔巴特以其特有的敏锐的思维和对教育理论的不懈探索使他自己的思想日益完善起来，并在理论构建上超过裴斯泰洛齐。
出于对裴斯泰洛齐献身教育事业精神和学说的敬仰，1799年，赫尔巴特带领学生专程到布格多夫拜访久负盛名的瑞士教育家裴斯泰洛齐。裴斯泰洛齐对赫尔巴特的来访热诚相待，特意在晚上安排了观摩课。裴斯泰洛齐“要使教育心理化”的主张和教育直观性的原则对赫尔巴特触动颇深。在不来梅，他大力宣传和讲授裴斯泰洛齐的思想，成为德国“裴斯泰洛齐运动”的先驱者。在一篇评论裴斯泰洛齐的文章中，赫尔巴特曾经概括了裴斯泰洛齐方法的优点。他认为，裴斯泰洛齐方法根据清晰的感知来掌握经验，比以前的任何一种方法更利于儿童思维能力的培养；它没有把儿童当作有经验者来进行教育，指明了教师有职责授予学生知识并使之完善；它关注早期儿童的教学问题等。
