但是，由于亚里士多德在形式—质料说中的混乱，他不能正确理解潜能和现实的关系。在他看来，作为质料的潜能是消极的、被动的，而作为形式的现实则是积极的、主动的，运动就是现实（形式）吸引潜能（质料）向自己转化的过程。因此，从根本上说，现实先于潜能。他还从潜能与现实的相对性思想出发，推论出“绝对潜能”（纯质料）和“绝对现实”（纯形式）的存在，认为“绝对现实”就是“永恒不动的定律”，即“神”。可见，亚里士多德在潜能和现实的问题上，割裂了二者的辩证关系，最后陷入了形而上学的唯心论。
三、灵魂论
灵魂的本质是什么？在亚里士多德看来，灵魂既不是如德谟克里特所说的精细原子，不是毕达哥拉斯学派的数目之和谐，也不是柏拉图的所谓独立于身体之外的东西。亚里士多德认为：“灵魂是一个潜在地具有生命的躯体的完全现实性。”[5]这个定义一方面肯定了灵魂是非物质性的东西，另一方面也提示灵魂和躯体之间的相互关系。他认为灵魂只有和躯体相结合才能发挥其作用。他把灵魂看作形式，把躯体看作质料。作为一种现实的生命实体，灵魂根本就不能脱离躯体而独立存在。他形象地把灵魂比喻为“蜡烛”，认为灵魂进行思维活动时，思维对象在心灵上留下了痕迹，好比刻于蜡板上那样。
亚里士多德认为，灵魂是有高低等级差别的，不同的灵魂按其等级可依次分为三类：营养灵魂或植物灵魂；感觉灵魂或动物灵魂；理性灵魂或人类灵魂。他认为，不同等级的灵魂，作用也不同。较高级的灵魂包含较低级灵魂的作用，但不能归结为低级灵魂的作用；低级灵魂则不具有高级灵魂的作用。营养灵魂是最低级的灵魂形式，它具有吸收营养和繁殖的作用。感觉灵魂是动物所具有的比较高级的灵魂形式，它具有三个方面的能力，即感觉能力、欲望能力、运动能力。理性灵魂是最高级的灵魂形式，这是人类的灵魂形式。人类灵魂自身同时还具有营养灵魂和感性灵魂的作用。因此，人类灵魂达到了营养灵魂、感觉灵魂和理性灵魂三者的统一。人类灵魂的作用是理性和思维能力，人类灵魂比其他灵魂具有更大的优越性。由此，亚里士多德下了一个著名的定义：人是有理性的动物。
亚里士多德认为，人的理性灵魂分为被动理性与能动理性两种。前者是以外界事物为对象，在感官知觉记忆的基础上发展起来的。这一部分理性会随着身体的死亡而消失。但是，能动理性并不都是在感觉记忆的基础上发展起来的，因而不是以外界事物为对象，而是以理性本身为对象。这种能动理性是永恒的、不朽的，并不随身体的死亡而消失，所以也称为“神的理性”。这样就把能动理性与他的神学联系起来。
亚里士多德的认识论与柏拉图的相论不同。亚里士多德虽然重视理性认识，但也认识到感性认识的作用。他认为，认识是一个逐步深化的过程。认识须从感觉开始，感觉是客观外在的事物通过感官的媒介引起的一种变化。人们的认识通过感觉印象进一步发展，便是想象；如果这种感觉印象继续保存起来，就叫记忆；如果过去的印象能有秩序、有纪律地重新唤起，而不是盲目浮现在心中的，就是回忆。亚里士多德认为，认识必须由个别上升到一般，才能达到真正的智慧，上升到理性认识的高度。理性灵魂的内容从感觉中得来，仍是外部世界的反映。这两种从外部世界获得的认识的不同点在于，感性获得事物的数目、大小、形状、运动和静止等个别方面的知识，而理性获得的是一般的、真理性的知识。
