但在色诺芬尼生活的时期，希腊城邦奴隶制已经形成，新的经济政治制度及新的生活方式产生了新的人伦关系和社会观念。传统神话、史诗的具体内容与现实生活越来越脱节了。歌颂乃至仿效诸神的这些行为，无异于破坏新兴的社会秩序和伦理关系。其实，在色诺芬尼以前，人们的观念已经发生了明显的变化。公元前7世纪末和前6世纪初的诗人，在吟诵宴会诗时，就已开始劝说人们行善，不要歌颂神灵之间的斗争。[25]社会生活条件的变化，人们行为观念的改变，为色诺芬尼对旧神话的批判创造了条件。色诺芬尼对旧神的批判，实际上就是对旧道德、旧秩序的批判，是理性对生活秩序的呼唤。从保留下来的色诺芬尼的残篇中，可以看出他对荷马和赫西奥德关于神的看法的批判主要有三个方面。[26]
第一，批判他们用人性的弱点和罪恶描绘神明。这方面有塞克斯都·恩披里柯的《反数理学家》保存的残篇。
“荷马，赫西奥德赋予神一切，包括人的那么多耻辱和谴责：**、彼此欺诈和盗窃。”
第二，批判他们赋予神以人的形象，甚至动植物的形象。这方面的残篇如下。
“凡人们以为诸神是诞生出来的，穿着衣服，并且有同人们一样的容貌和声音。”
“埃塞俄比亚人说他们的神的皮肤是黑的，鼻子是扁的；色雷斯人说他们的神是蓝眼睛、红头发的。”
“可是，假如牛、马和狮子都有手，而且像人一样都能用手画画和塑像，它们就会各自照着自己的模样，马画出或塑成马形的神像，狮子画出或塑成狮子样的神像。”
“象征巴克科斯（Bacchas）的常青树摆在华丽大厅的周围。”
色诺芬尼对神话的批判可谓一针见血，击中了神的拟人化这个致命弱点。所有宗教不过是现实世界在人们的主观意识中变形的反映，因此，凡一切人创的神皆有无可避免的拟人性，且随着信奉者本身的差异而变化，这一点对于至尊的神来说，却是不可思议、不可接受的。
第三，批判传统诗人将诸神划分等级。这方面没有色诺芬尼自己的残篇，只有欧塞比乌（Eusebius）的记载。
关于神，色诺芬尼指出，在他们（诸神）之间不存在统治关系；认为诸神中有一个统治者，那是渎神。无论在哪一方面，诸神都不欠缺任何东西。
古希腊悲剧诗人欧里庇得斯在《赫拉克勒斯》中，也记载了色诺芬尼的思想。
我不相信神欣赏不正当的爱情，也不相信神灵们真的会犯罪，也不认为一个神要去统治另一个神，因为倘若真的是神，他就不欠缺任何东西，那些都是歌咏者们的无稽之谈。[27]
另外，色诺芬尼还批判了占卜、预言等迷信活动。
色诺芬尼对于传统神话的批判是深刻的、彻底的。他以前的自然哲学家们虽然都提出了各自关于世界的不同于神话的解释，那实质也就是对传统神话的扬弃，但尽量避免了与传统神话的直接交锋，仅仅另外开辟了一个思想世界。与他们相比，色诺芬尼是激进的，他直斥旧神的人性化弱点，动摇了它自立的基础。策勒尔说得好：“普通人的信念是将文明的重要成就，如农业、栽培技术、火的发明和使用，以及其他发明等，都看成是神所赐予的。色诺芬尼第一个将这些看作人类自己的创造。正是在他的关于宗教的论述里，他显示了最大的洞察力。在这里，他也看到了人的作用：神的特征是由不同民族的人的特点所决定的。”[28]
