分析教育哲学在取得上述成就的同时，也表现出了它自身的局限性。无论是其以自然科学澄清、改造教育理论的宏伟抱负，还是创造分析技术澄清教育日常用语的良好愿望，均因其理论自身的先天不足和教育活动所涉因素的过于复杂而未能完全如愿以偿。分析教育哲学的局限性主要表现在以下几个方面。
（一）放弃了教育中的价值判断
分析教育哲学与分析哲学一样认为哲学的唯一的任务就是分析作为意义之体现的语言，反对建立本体论、认识论体系，拒绝回答教育中的人生观、价值观等问题，坚持教育理论在价值问题上的中立立场，将形而上学和价值论赶出教育哲学的大门。而实际上，教育作为人类有目的、有意识的实践活动，正如彼得斯所说本身包含着价值判断。（至少有一部分问题是如此——笔者注）。比如，教育要培养什么样的人，教学应传授什么样的知识，受教育者应该具有怎样的道德规范和情操修养等。
教育哲学不回答这样的问题，无异于是一种理论的自戳行为。美国教育家范伯格（）指出：“方法只有在一定的限度内才是合理的，但是如果运用方法的人没有看到语言问题并不是哲学的全部问题，那么就贬低了这种方法的作用，因为，如果哲学所珍视的只是澄清其语言中的模糊现象，那么，哲学便失去了它解决人类问题的基础而不能成为一种排除哲学障碍的工具。”[33]这一评论同样适用于分析教育哲学。
（二）分析方法的局限
分析的方法是分析教育哲学的精髓所在。分析教育哲学的初衷是想将哲学变成清思的方法和分析的工具，以消除教育概念和理论的表述中的语言和逻辑上的错误，消弭教育争端。不幸的是，这一初衷经过分析教育哲学几十年的发展不仅未能实现，反而给教育理论带来了新的争论的问题。放弃了客观中立立场的彼得斯的分析尤为如此。比如，他对“教育”概念的分析在遭到强烈的批评后曾进行过修正，有学者指出，不知彼得斯是在什么基础上改变他的分析的，也看不出他第二次分析比第一次分析充分在什么地方。一个分析教育家对一个概念的陈述尚且不能一致，又怎能指望不同分析教育家们取得一致的看法并消除教育的争端呢？
后分析教育哲学家索尔蒂斯对分析方法在教育上的运用效果就显得颇为悲观。以“学习”的概念为例，他说道：“慎重地、反复持久地应用分析的技术对学习这个概念进行澄清，产生的结果同那些相信分析范式的力量能够使‘模糊的分类’清楚、准确、明了的人的期望截然相反。”[34]
究其根源，问题的症结在于日常语言派的分析教育哲学把判断分析充分与否的标准定为所分析的概念、命题与日常语言的使用是否相符上。然而，日常语言本身就是模糊的、不确定的，它的意义随着时空和文化背景的变化而变化，用这样一个本身就是模糊、不确定的标准衡量分析的充分与否是不可能取得一致的认识的，这也正是日常语言分析学派的悲剧所在。
（三）脱离教育实践
