正因为认识上的反差如此强烈，西方学术界对这一思潮的评论尤其是批评，显得极为谨慎。例如，美国心理史学家舒尔茨在1975年改写后的《现代心理学史》第2版中仍然觉得：“试图对人本主义心理学做出任何评价，还为时过早。它的影响究竟大到什么程度，尚待以后证明，但它肯定值得我们给予仔细而又审慎的注意。”[27]人本主义教育理论在当代的出现，有其内在的规定性，并因此含有不同程度的积极意义。但与此同时，也应该看到，人本主义教育理论由于其所持的认识论与价值观，不可避免地带有许多缺陷，尤其是人本主义教育学者对传统教育理论与实践采取全盘否定的态度，则显得十分不可取。
人本主义教育理论的缺陷，主要反映在以下3个方面。
第一，人本主义教育理论的哲学基础是存在主义，认识论基础是现象学，因此在其研究方法上带有十分明显的主观性和含糊性。
人本主义教育理论以存在主义和现象学为主要理论基础，将神秘的、以精神形态出现的“存在（being）”视为其理论的演绎出发点，并把这种属于精神范畴的“存在”作为其教育理论认识问题与分析问题的核心。
众所周知，存在主义哲学自我标榜是“人的哲学”。这种哲学认为自由是人的本质，并且存在先于本质，也就是说，“人”首先存在然后才成为人。这种首先存在的“人”就是潜能，人之潜能，是作为一种单纯的主观性而存在的，因此哲学必须关心通过精神途径来把握人的经验世界的人。现象学则格外强调“纯粹意识”内的“存在”，它所谓的“现象”并不是客观现象，而是个体对自身经验的体验，因此它反对因果理论和一切未经考察的假设，主张“现象学还原”的方法，即将所有一切“还原”为意识活动，发现“先验的自我”并对之加以精确的描述。所以，现象学特别强调直观与直觉，认为这才是把握事物原理或事物内部结构的“唯一手段”。
人本主义心理学以及人本主义教育学一脉相承于存在主义的基本主张和现象学的认识方法论，其认识与研究过程带有极为显著的主观随意性，因此难于得出一些能有普遍适用价值的客观原理。美国有人概括了以现象学为方法论特征的人本主义心理学研究的基本特点：“现象学理论认为个性作为指导行为的对现实的认知和知觉模式，是因人而异的。要了解某个人的个性，必须从那个人的观点看待事物。”由于每个人“看待事物”的观点都带有主观性，是因人而异的，这就难于有一个客观的分析基点，最终会使心理学走向虚无主义。有许多人批评人本主义学者使用了“非科学的方法”，并且认为人本主义教育理论缺乏一套规范的、严格的科学概念与体系。例如，许多人认为，马斯洛等人所谓的“自我实现者”的特征是以少数人为样本，而且是按照他自己事先确定的直观的标准来选择样本的，不具有普遍的意义；人本主义教育学者与其说是客观的“研究者”，毋宁说是热心的“社会改良者”；等等。
人本主义理论在研究方法上的种种缺陷，在学校教育中也出现了一些负面效应。江绍伦认为：“由于人本主义方法的运用过分依赖人的品质、教师的忠实保证和他的能力，所以某种实际教学的成功主要是由于教师的人格，他个人的行为，完全不能被别的教师重复。这样，人本主义教学的结果是不容易得到证实的。”[28]基于这些批评，人本主义教育思想的追随者们在认识上也出现了一个新的动向，即开始重视起理论体系的建设（理论体系的完整性与严密性），开始重视起科学的论证方法。
