“神”和“御灵”,现在已经被认为是两种相异的事物了。“神祗②之御灵”这个语汇虽早见于古老的文献中，但并不能由此就断定日本最初的状态便如是。观念反映的是人们心灵深处的感受，所以探讨其何时起源并非易事。我们至少可以将其看作是一个具有因果联系的先后阶段。其变化是依照条件循序推进的，也正因为它是人所设立的制度，所以从记录上就可大致得知其时代。其实，这也并非是非常古老的现象。
向死者的“灵魂”致敬，树立木柱木牌、奉献清净的祭品，这些祭祀行为并没有对特定的人设限。虽然这种祭祀的方式没有过的从天而降的天神的子孙。
任何变化，也只是凭据这个“灵”曾经是“人”这样的理由而将其作为神加以祭拜的，但在过去曾经比现在难得多。在神道发达的时期，去参拜与“氏神”或“产土神”①无关的别的地方的大神社，将自己的心愿托付给神灵的现象的出现，和将“人”尊拜为“神”的时期是基本重合的。这看起来也并非偶然。那些学者无法解释的众多小神灵，虽然有无数被遗忘在家的内外得不到供奉，但总体而言，至这一时代为止，“神”的地位越来越高，神和人之间的距离也越来越远了。
将人放入神社中加以祭祀，首先要赋予人“灵神”的称号，这是中古以来的习惯。原来“灵神”这个语汇并不具有那样的意义，但当其成为一种神灵的名号后，再进一步就能成为神的存在了，由此便比单单被称为“灵”或“御灵”的等级高了一些。在这里，古人完全想象不到的神灵系统的层级制就诞生了。
为数众多的实例中，著名的伊予地区②“和灵神”③的诞生④的例子，非常贴切地表达了这个时代的思想。主人公山家清兵卫①是正义之士，他抱冤含恨而死，死后过百年，其怨灵便大肆作祟，地方民众恐惧之余，将其以“灵神”之名加以祭祀，但是似乎未能平息其愤怒，也未能显示其温厚之德泽。于是人们又以“大明神”②的神号加以供奉，奠定了现在广泛的信仰基础。
但是上述神灵层级的思考方式，多数人并未留意此差别，大家只是按照习惯祭拜而已。例如，关西有“和灵大神明”,关东有“佐仓的宗吾”③,就显灵的形式而言相当相似，但祭祀宗吾的场所现在也被称为“灵堂”,因为其没有被列入神社的系列中，且作祟的力量非常强大，故人们对其神力的信赖也随之增强。这是双方完全相同的地方。如此说来，还有“御灵”“今宫”或“若宫”④这样的称呼，很明显将人作为神祭祀的例子还有许多，其中的一部分作为神社得到公认，剩下的一部分还属于各家中的私祭，处于“神”或"灵神"很难判定的状态之中。今后如果这些民间的事实大体上全部为世人所知晓的话，我国的神社制度便可确立，但现在不管怎样，细微之中仍不可避免地存在界限未明的部分。特别是名称，有三种情况：
第一种是自然而然生成的，第二种是不假思索接受外来的，第三种是内容变了但外形依旧的。这三种情况混在一起，也妨碍着我们的理解。事物的发展很少有从复杂到简单的。我们宁愿相信早期的信仰形态更为单纯，这里的“神龛”和“御灵棚”之间的对立，或许就是证据。
