在马克思的这些讨论中，他已经关注到工厂内部的分工，但他还没有将工厂内部的分工与社会分工真正地区别开来，对工厂内部的分工更多是从异化批判这个视角来讨论的，以便从中引出批判话语。从政治经济学的视角来看，马克思此时的哲学讨论，并没有真正地跳出斯密的逻辑。
马克思在分工理论上的重要进步，体现在《哲学的贫困》中。在这本书中，从方法论上来说，马克思意识到《德意志意识形态》中人类学意义上的生产逻辑的局限性，强调“历史性”视野，特别是在面对资本主义社会时，强调它与传统社会之间的“断裂”性关系，强调对资本主义社会的认识不能简单地从一般意义上的原理加以推广，这是他批判蒲鲁东思辨的经济—哲学的重要前提。正是缺失“历史性”的视野，蒲鲁东才会将资本主义社会中产生的关系以及反映这一关系的范畴，看作是适合于一切社会的关系和范畴，从而将当下的社会永恒化，陷入资本主义的意识形态之中。从“历史性”出发，马克思对分工的讨论体现为以下几个方面。
第一，与斯密以分工作为资本主义生产的起点不同，马克思强调劳动者与生产工具的积累和积聚才是工场手工业的起点。“工场手工业的特点不是将劳动分解为各个部门并使有特殊技能的工人去从事很简单的操作，而是将许多劳动者和许多种手艺集合在一起，在一所房子里面，受一个资本支配。”[26]这种集合的好处，一开始并不是为了分工，而是为了减少费用，因此不像斯密所说的，分工在作坊之前，相反，劳动者集合在一起的作坊是分工存在的条件。这种集合，在《1861—1863年手稿》和《资本论》中，马克思称之为“协作”，并明确指出协作才是现代资本主义生产的起点。
第二，马克思区分了社会分工与工厂内部的分工，并揭示了两者间的关系。针对斯密等人将两种分工等同起来的做法，马克思明确指出了社会分工与工厂内部分工的区别，社会分工源自于最初的物质生产条件，而工厂中的分工则是企业主按照预先想好的方案将工作分配给工厂内部的成员，是将一个人能完成的工作变成不同的人共同合作才能完成的工作。如果说在资本主义社会，社会分工体现了自由竞争的原则，那么工厂内部的分工则体现了资本的权力原则，“因此，在分工方面，作坊里的权力和社会上的权力是互成反比的”。[27]
第三，机器是劳动工具的结合，机器的发明和采用进一步加剧了社会分工，进一步简化了工厂工人的劳动过程。马克思批判了蒲鲁东将机器看作分工的合题的看法，指出机器的发明和采用与分工的发展相互影响，相互促进。当工厂内部的分工日益简化时，分工的发展使个人越来越丧失专业性，产生了职业的痴呆。
第四，当劳动完全丧失专业性质的时候，“个人对普遍性的要求以及全面发展的趋势就开始显露出来”。[28]在这里，马克思进一步延续了《德意志意识形态》中分工与自主活动的理论关系，强调人的全面发展才是解决分工导致的人的片面性问题的出路。
从《1844年经济学哲学手稿》到《德意识意识形态》，虽然马克思实现了哲学变革，强调从历史本身的事实出发来建构新的哲学理论，但从总体上来说，两个不同时期的理论基础都是劳动，只不过在《1844年经济学哲学手稿》中，马克思强调劳动作为人的类本质的活动，在《德意识意识形态》中，马克思则将“劳动”看作是资本主义社会的异化活动（在《1844年经济学哲学手稿》中关于“分工”的讨论时，马克思就有了这种理解），从而以人类学意义上的物质生产活动作为历史观的基础，强调社会生产过程中的物质条件、在生产过程中结成的客观物质关系以及由两者结合而成的生产力，从而实现了哲学逻辑的变革，生产逻辑成为马克思哲学的根本逻辑，并成为他考察相关问题的基础。这一理论逻辑，同样体现在《哲学的贫困》一书中。
但从马克思思想发展的过程来看，《哲学的贫困》又是一个重要的理论节点。相比于《德意志意识形态》中的人类学意义上的生产逻辑，马克思突出了资本主义社会的“历史性”规定，强调考察资本主义社会比考察一般社会具有优先性，这意味着马克思的历史理论首先必须针对资本主义社会而不是一般社会，这是一种理论视野和方法论上的反转。虽然马克思还没有明确地意识到要从资本逻辑去考察分工，但这一新的理论原则和方法经过《1861—1863年经济学手稿》的中介，在《资本论》中得到了清晰的论证。
