2008年，国务院决定取消“省以下垂直管理”制度，要求省级以下质监、工商系统实施属地化管理，即其人员编制、组织任免等纳入同级政府管辖，上级部门只对其进行业务上的指导。此举的结果是地方保护主义再次抬头，并且由于监管队伍入口把关不严，监管部门的专业化水平从70%降至50%左右，个别地方甚至更低。2015年的《中华人民共和国食品安全法》仍然维持了属地管理的模式，只是在先前基础上更加强化了地方政府的管理责任，规定：县级以上地方人民政府应当将食品安全工作纳入当地国民经济和社会发展规划；加强食品安全监督管理能力建设，为食品安全监督管理工作提供保障（第6条）。应当将食品安全监督检查、抽样检验、风险监测、宣传教育、能力建设等经费纳入同级政府财政预算（第93条）。县级以上地方人民政府在食品安全监督管理中未按照规定履行职责，造成不良后果的，依法对直接负责的主管人员和其他直接责任人员给予行政处分（第125条）。地方人民政府未履行食品安全职责，未及时消除区域性重大食品安全隐患的，上级人民政府可以对其主要负责人进行责任约谈（第99条）。虽然上述条款在增强食品安全监管意识、提供工作条件、保障经费投入、加强地方政府责任方面起到一定的作用，但从这两年的实践来看，这样的规定缺乏现实的可操作性，在预防风险和事故发生、提高监管绩效方面作用甚微。
2013年3月，第十二届全国人民代表大会第一次会议审议通过的《国务院机构改革和职能转变方案》，决定组建国家食品药品监督管理总局，对食品药品实行统一监督管理。4月，《国务院关于地方改革完善食品药品监督管理体制的指导意见》指出，省、市、县级政府原则上参照国务院整合食品药品监督管理职能和机构的模式，结合本地实际，将原食品安全办、原食品药品监管部门、工商行政管理部门、质量技术监督部门的食品安全监管和药品管理职能进行整合，组建食品药品监督管理机构，对食品药品实行集中统一监管，同时承担本级政府食品安全委员会的具体工作。地方的食品药品监管实行省以下分级监管。新一轮食品药品监管机构改革在全国各省开始启动。2013年11月，《中共中央关于全面深化改革若干问题的决定》提出多重改革目标：（1）完善统一权威的食品药品安全监管机构；（2）实行统一的市场监管；（3）整合执法主体，推进综合执法；（4）积极稳妥实施大部门制，减少机构数量和领导职数。2014年6月，《国务院关于促进市场公平竞争维护市场正常秩序的若干意见》提出，要加强食品药品等重点领域基层执法力量，探索综合设置市场监管机构，原则上不另设执法队伍。
2015年修订的《中华人民共和国食品安全法》规定，国务院食品药品监督管理部门，对食品生产经营活动实施从生产、流通、销售到餐饮服务等最严格的全过程监管。国务院卫生行政部门组织开展食品安全风险监测和风险评估，会同国务院食品药品监督管理部门制定并公布食品安全国家标准。国务院农业行政部门负责食用农产品从种、养殖环节到进入批发、零售市场或生产加工企业前的质量安全监督管理，同时负责牲畜屠宰环节和生鲜乳收购环节的质量安全的监督管理，负责与国务院卫生行政部门会同国务院食品药品监督管理部门制定食品中农药残留、兽药残留的限量规定及其检验方法与规程；会同国务院卫生行政部门制定屠宰畜、禽的检验规程。国务院质量监督管理部门负责食品相关产品生产加工管理的管理，同时负责食品进出口安全质量的监督管理。
