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实践证明，监管机构缺乏独立性，会严重影响监管绩效。首先，我国很多食品药品监管机构在承担监管职能之外还兼具宏观调控或微观管理职能，甚至对有些机构来讲，监管成了副业，只是稍带进行，这导致大量监管空白。其次，多个机构的存在，使得监管权力在食品生产、流通、消费等环节上被硬性分割和交叉重叠，造成有些监管领域和事项监管过度。有些企业被重复罚款和被要求重复提交各种材料，或受到不同部门的重复检查。最后，监管机构缺乏独立性，就会受制于部门利益，难以做到监管执法上的公正，或导致资源利用的低效率和不作为现象，易于产生腐败和机会主义行为。

食品药品监管宜实行中央一级垂直管理

实行中央一级垂直管理是发达经济体的明显特征。美国、加拿大等发达国家的食品药品安全监管的高绩效一直是被世界所公认的，它们大多建立的是由中央监管机构控制的垂直一体化的监管体制。中央政府部门拥有很大的食品安全监管权限，同时承担着主要的食品安全监管责任，地方政府监管权限和责任较小，大多对规模较小的餐饮企业和零售业实行监管。

1998年美国政府成立了总统食品安全监管委员会，负责制订国家食品安全计划和战略、指导政府部门优先投资重要食品安全领域和食品安全研究所的工作，并协调全国食品安全检查措施。该委员会的成员由农业部、商业部、卫生部、管理与预算办公室、环境保护局、科学与技术政策办公室等有关职能部门的负责人组成。委员会主席由农业部部长、卫生部部长、科学与技术政策办公室主任共同担任，形成监督食品安全的“三驾马车”。美国在总统食品安全监管委员会的统一协调下，实现对食品安全工作的一体化管理。联邦一级的主要监管机构还有食品药物管理局（属卫生与人类服务部管辖）、食品安全检验署和动植物卫生检验署（属美国农业部管辖）、美国环境保护署。食品药物管理局在食品安全监管方面主要负责美国国内生产及进口食品、膳食补充剂等监督管理，同时控制食品中的致病风险源等。食品安全检验署主要负责肉、禽、蛋制品的安全、卫生和正确标识。动植物卫生检验署主要防止植物和动物的有害生物和疾病。美国环境保护署主要保护消费者免受农药带来的危害。食品药物管理局或美国环境保护署所禁止的或超出其规定的食品添加剂或兽药残留等的任何食品或饲料都不允许流向市场。另外，财政部的海关署和酒精、烟草与枪支局等部门也有一些食品安全监管职能。海关署可以依法对进口货物进行检验或扣押，协助食品安全管理部门的工作。酒精、烟草与枪支局管理含酒精的饮料和烟草的标识。另外，美国食品药物管理局还与联邦贸易委员会、交通部、消费品安全委员会等其他联邦机构保持密切联系。总体上，美国中央一级的食品药品监管机构几乎涵盖了对所有食品药品的监管，并且各监管机构之间横向分工明确、科学，不切断食品的自然生产链条，一个机构做到对某种食品或药品的全程监管。各机构之间还能够有效制衡：或者某些人员只监管某一种食品，或者他们只在某一特定区域内拥有权力，或者他们的监管对象局限于某一类食品机构。