在这期间，对特殊教育哲学问题进行系统研究的标志性成果有两个。其一是由北京大学出版社2011年出版、华东师范大学方俊明编著的《特殊教育的哲学基础》，围绕特殊教育的本质、价值论、方法论、学科基础等特殊教育中的元理论问题，探讨了特殊教育哲学思想形成与发展的过程；从同一性与特殊性的比较中论述了特殊教育和德智体美劳教育，以及学前融合教育、职业教育与高等教育等问题的哲学基础；同时，借鉴西方的哲学思想，结合我国实际，指明了在多元文化背景下我国特殊教育的发展趋势，对我国特殊教育的发展具有重要的指导和借鉴作用。其二是由山东人民出版社2012年出版、南京特殊教育师范学院王培峰著的《特殊教育哲学：本体论与价值论的研究》，在内容编排上分为四篇八章。首先主要从本质主义和存在主义两大哲学思维的立场对特殊教育本体存在的根据、概念、内涵、知识进行自我前提性批判，厘定特殊教育的本体存在，提出了“特殊儿童关怀理念”和“特殊儿童意向性关怀意识”的特殊教育存在论，并运用马克思主义人学立场审视和建构特殊儿童的存在观；其次，在前面特殊教育本体论认识的基础上，批判分析了关于特殊教育的价值认识，并借鉴马克思主义实践观，提出了特殊儿童存在论和价值论；然后，主要从特殊儿童存在论和价值论的认识视野出发，对特殊教育之于特殊儿童生命尊严、自由和权利的价值，特殊儿童生活的价值，特殊儿童缺陷补偿的价值三个方面进行研究；最后，从做好特殊教育的希冀出发，基于全纳教育与隔离教育统一的可能，从文化哲学和生态哲学的视野审视全纳教育，并提出建构全纳教育的理想。
（二）出版同名教材，推动特殊教育管理学的分支学科发展
在中国知网数据库中以“篇名=特殊教育”并含“篇名=管理”进行检索，在获得的期刊论文中，手动删除会议征稿、书评、报纸等，最终获得有效学术论文81篇。在1998—2004年，国内只有9篇论文对特殊教育中的管理问题进行探讨。其中，有3篇文章都发表在1998年，有2篇是介绍英国特殊教育管理的，可见特殊教育管理的研究并未受到研究者们的很多关注。值得一提的是，《我国特殊教育管理模式：现状、成因及对策分析》（王玉琼、王玉娥，2003）是此后我国特殊教育管理研究领域中的高引论文，成为我国特殊教育管理研究的重要基础之一。
