18世纪不仅是日本社会思想各派争鸣发展的时期，同时也是日本自然科学和医学的萌芽相继出现的重要时期。例如，吉田光由（1598—1672）编纂的算术书《尘劫记》在17世纪后期作为数学用书曾广为流行；关孝和（？—1708）的《发微算法》则创造了日本独特的数学“和算”。《清良记》第7卷（著者不详）和宫崎安贞（1623—1697）的《农业全书》10卷，则是农业方面的经验总结。在天文学方面，保井算哲（涩川春海，1639—1715）首次编制了日本人自己的历书《贞享历》；贝原益轩和稻生若水（1655—1715）实地调查了日本的动植物和矿物，分别写出了在日本历史上具有划时代意义的《大和本草》和《庶物类纂》。此外，当时虽然由于锁国而抑制了金属活字印刷术的发展，但木刻印刷技术在当时已经接近成熟，以这种技术印刷的书籍，在17世纪末就已经达到了3.5万册以上。这些被称为“经验的自然研究”的成果虽然刚刚产生，但是“经验研究的进展，逐渐促进了批判意识的成长，致使固守朱子学或者阳明学等特定学派的精神因而逐渐涣散”。[2]此外，18世纪以后，以日本假名印刷的书籍数量逐渐增加而佛教的书籍逐渐减少，反映了文化教育的本土化、世俗化的增强；而西川如见的《华夷通商考》和新井白石的《西洋纪闻》《采览异言》，则初步向日本人介绍了日本之外的世界，为吸收欧美近代文化做了历史的铺垫。
三、价值观的变革倾向及其影响
17世纪后期以来的商品经济的发展和文化学术的繁荣，不仅冲击了封建的经济和政治制度，而且也在思想的深度上震撼了当时的社会，逐渐形成了日本思想史上的“第一次启蒙时代”。[3]
日本思想史上的这一启蒙时代，首先是一个原有的价值观念及思考方法开始发生动摇、改变和更新的时代。具体说来，随着商品经济的发展，商人及城市手工业者的思想意识在18世纪逐渐强化。商人富裕奢华、武士贫困潦倒的严酷现实，也使得大批原先位于“四民”之首的武士们（特别是下层武士）不仅在物质生活上依附于商人阶层，而且许多人还不得不亲身投入（后来则是主动地投入）到新的经济活动之中。当时“举世倾慕町人”[4]，武士的权威和高贵地位一落千丈。当时的长崎富商西川如见（1648—1724）在其著名的《町人囊》中表达了这种价值观的转变：“生于武家，烦扰甚多。一生恐恐然侍奉主君而心无松懈之时。以名利为第一谨言慎行。相比之下，还是町人轻松愉快。”[5]他又把商人比作流水，流水虽在万物之下却滋润天下万物；商人虽在四民之末，却也为世间不可或缺。心学领袖石田梅岩也充分肯定商人职业及其盈利的合理性，强调实用知识的重要性，表达了一种新的价值观和社会观。
城市商人的这些新的打破常规的思想意识在学术思想上的反映，首先是对历来封建的世界观特别是对朱子学的宇宙观、方法论的怀疑和批判。从荻生徂徕的“理无定规”（《辩言》），到三浦梅园的“号称圣人、称做佛陀者原来都是人”（《答多贺墨卿君》）[6]等，就是对历来被视为神圣不可侵犯的东西进行重新审视的结果。兰学—自然科学的发展，特别是依据天文学的知识对“天”作出的接近科学的解释（例如，司马江汉对天空、大气及其颜色的解释，中井履轩关于太阳比地球大的解释等）不仅表明了对科学知识的依赖与尊重，而且否定了天上的一切与地上的众生之间的精神联系，打破了“天人合一”的思维模式，无疑是一种思想的解放。“日用事物当行之理属于物，而非属于人。”[7]这种把自然与道德及政治分离开来的观点，为将注重推理的思辨型学术研究，逐渐向注重实际的实证型学术研究推移，提供了有利的思想条件；有关自然科学知识和日常实用的知识日益受到重视。
