人性善恶矛盾。成为卢梭的政治学的理论前提的人性本善论与洛克和孟德斯鸠的政治学说的理论前提是截然相反的。卢梭由人性善和社会恶理论提出的两种人，即自然人和社会人的境况与启蒙运动的主流思想，即坚信人类社会和人的不断进步的思想相违背。狄德罗为此指出：“卢梭先生，我认为穿着丝绸衣服和雅致的恶德，比穿着兽皮的迟钝和残酷更好。我认为在镶金宫殿里的软枕上**欲，比苍白污垢的和令人生厌的赤贫的人们更好——他们挺卧在损害健康的湿地上，恐惧地躲在荒野的山洞之深处。”[174]狄德罗还针对卢梭赞美自然人、鞭笞社会人的观点给予了反击：“自然界竭力给他最完美形式的自然人，丝毫不比社会人优越。”[175]
卢梭与同时代人的矛盾还表现在他的政治学说的另一个理论前提，即政治神学化、政治道德化。启蒙思想家们强烈反对宗教、反对传统的道德价值观念，主张政治的完全独立；而卢梭则站在传统救赎的立场上，反对政治与神学、政治与道德、政治与社会分离，这与近代世俗化的潮流格格不入。对宗教信仰的支持，最终使卢梭与启蒙运动决裂。
与启蒙运动的主流相悖。有的学者认为，卢梭的社会契约论是建立在情感梦和道德梦的基础之上的，尽管他与洛克、伏尔泰、孟德斯鸠和狄德罗等，同属于伟大的资产阶级的启蒙思想家，共同推动了波澜壮阔的启蒙运动，但从总趋势来看，卢梭是与启蒙运动的主流相悖的。当以伏尔泰为首的启蒙思想家们贬低情感、赞美理性的时候，卢梭却对情感进行了无限的赞美；当以伏尔泰为首的启蒙思想家们颂扬科学和艺术给人类带来文明生活的时候，卢梭却认为科学和艺术的进步，并没有给人类带来文明，相反，给人类带来了人性的堕落和道德的退化；伏尔泰的“人类历史的进步”观念，在卢梭那里变成了“人类最大的不幸”；伏尔泰的“文明社会的发展史”，在卢梭那里变成了“人类的疾病史”；当伏尔泰为首的启蒙思想家们颂扬人类脱离自然状态、进入文明社会的时候，卢梭却对自然状态的人们充满了憧憬和希望，并将自然状态看作人类的黄金时代而极力赞美；当以伏尔泰为首的启蒙思想家们在法国的上流社会和巴黎的贵族沙龙里往来穿梭、传播启蒙思想的时候，卢梭却远离巴黎的贵族沙龙生活；当启蒙思想家们高扬科学和理性，反对宗教神学的时候，卢梭却建立了道德信仰的神学殿堂。看来，卢梭与伏尔泰之间的思想分歧在于，伏尔泰赞美人类社会的进步状态，而卢梭则抨击了文明使社会堕落，主张返回到与文明社会相反的自然状态之中。卢梭就是这样建构了完全不同于其他启蒙思想家的社会契约理论，他看到了文明社会下成长起来的人性的扭曲和堕落。他展现的是原始而甜美、淳朴而善良的自然状态。卢梭也正是在这种自然状态中构建了他与同时代人不同的教育思想。
卢梭明确反对三权分立的权力制约理论和政党政治。在卢梭看来，主权是不可分割的，这一观点与洛克、孟德斯鸠的观点截然相反。他们从人性恶理论出发，为了防止滥用权力，必须分权，而且分而治之，以恶制恶，以权力制约权力。他也反对政党派别，反对民主的重要形式——代议制。
伏尔泰在读了《论人类不平等的起源和基础》后，于1755年8月30日公开发表了向卢梭的“致谢信”，信中称卢梭的书为“反人类的新书”，并以其特有的恶谑口吻写道：“从没有人用过这么大的智慧企图把我们变成畜牲。读了你的书，真的令人渴慕用四只脚走路了。”1767年，伏尔泰还在悲剧《西徐亚人》里对卢梭进行抨击，把一个在地上四脚爬的人作为卢梭理想的象征。
