原始佛教是指佛陀在世及至佛灭后一百年内的佛教，部派佛教则是指佛灭后第二百年至第四五百年时的佛教，因此，原始佛教与部派佛教是佛教发展史中前后相承的两个阶段。二者是两个历史范畴，是教义发展的两个不同阶段。作为前后相承的两个阶段，其间自然存在着相沿相续的内在连续性。这一连续性，在某种意义上是指部派佛教对早已存在于原始佛教中的论究教义法相的作风，进一步地加以发挥引申而已，之间并没有十分明显的分界线。然而，部派与原始佛教之间确实存在着的相异之处，则更具有重要的意义。这些相异之处可以从以下几个方面来说明。
首先，二者之间存在着法相问题讨论研究方法上的不同。佛陀自身的说法是自由随机的，论域宽广的。其间，教说方法灵活运用，设喻取譬、铺陈渲染、变化自在，说理但求使人悟解，故而说教圆通方便，对教说法相自身并不拘泥。佛陀说法力避教条迂腐，体现出十分有力的批判精神。所以，佛陀在说法时并不十分在意组织严密的范畴体系。部派佛教则以讲求范畴体系的严密完整为特色，在诸部派的阿毗达摩论书中，对佛陀教说的种种法相进行严密的分类，组织成完整的体系，并对每一个概念都加以分解定义，根据不同的情况进行种种分别。因此，与原始佛教相比，部派佛教是以“诸门分别”的逻辑的体系化的方式为自身特色的。这一方式使部派佛教具有了教会神学式的烦琐作风。
其次，从教理思想的内容上来看，大致上原始佛教处处以解脱修道的实际来着眼立论，教说理论为实践服务，一切教说法相都归趣于解脱理想。例如，佛陀著名的“十四无记”说，表现出对与解脱实践无直接关系之形而上学问题的漠视，充分体现了佛教以人生价值关怀为核心的宗教本色。部派佛教虽然同样是以解脱为理想归趣的，也以解脱修道的实践为理论教说的指南，但与原始佛教不同的是，部派佛教关心的问题已经由理想归趣与修道实践，转向了理论自身。这并不是说部派佛教已经不再具有佛教的价值关怀，而只表明当时佛教内部需要解决的问题在于理论，而非实践。这样一种变化，正是部派佛教所具有的教相整理的特质所在。因此，可以说部派佛教是一种更重视理论，强调知识和纯粹认知的佛教系统。其中，佛陀所不予回答、理睬的不切实际的问题，在部派佛教中都有所涉及。部派佛教所具有的理论、知识兴趣，使其不可避免地染上一些教条、迂腐的弊病。
最后，在理论趋向上，可以说原始佛教教说的重心是心，由心之现象而开展出缘起的道理；部派佛教的重心则是法，即客观存在的事实性的存在，以事实性的可分析的元素为世界和人生现象统一的基础。
部派佛教时期，是阿毗达摩论书大量形成的时期。阿毗达摩是对法或无比法之意，法指一切存在的理法，即一切存在者本身，因此，阿毗达摩可以说是对存在的研究。对论书而非经律的重视也在一定意义上反映了部派佛教的特色，那就是注重理论体系的结构、组织，而忽视实践的修持与践履。因此，部派佛教的弱点就在于忽视了佛教的实际，不能从佛教的全局着眼。但它对佛陀教说法相的整理对佛教的发展起到了非常大的作用。
