关于清净法的来源问题，是唯识佛教乃至中期大乘佛教关心的重点。唯识学，主要是晚期唯识学，即唯识今学，对这一问题的处理体现了唯识学的根本理论特征。首先，唯识今学区分了清净法的两种不同性质，即作为所缘境界的清净与作为能缘识体的清净，所缘清净就是真如，能缘清净即菩提智慧。所缘清净的来源问题实际上是真如法作为所缘是如何可能的问题，即真如是如何可能被认识的问题。在唯识学中，这一问题是以真如是否有种的形式提出的。如以真如有种则真如也是含藏于阿赖耶识之中的相分种子，作为种子，它不仅是自身熏习的结果，而且会发生自己的功能。这种看法无疑是误解了真如作为无为法的性质，真如与缘起、涅槃与业报轮回之间的界限未能区别清楚。因为真如自身是存在于缘起之外的，是去染之后之所得。而与缘起相即之空性，仅是从真如的角度对缘起的说明而已。若真如五种，或者说在主体心识之中，并无清净法的根据，那么，解脱或说涅槃，又是如何可能的呢？唯识今学对此的解释，充分体现了大乘思想的基本理趣。
关于清净法的来源问题，唯识今学是从能缘清净的意义上着手解决的。他们认为清净法确实是有种的，但它并非真如种子，而是菩提种子，即智慧的根据，而非真如或涅槃的根据。涅槃与菩提、真如与正智之间的不同，在果位上是所显得与所生得的区别，是所缘与能缘的不同。智慧菩提更多的是从主体受用的一边立论的，真如涅槃则多从所证所显的境界一边着眼。这种区分与大乘无住涅槃与无余、有余涅槃的区分是一致的。菩提智慧的现行在阿赖耶识中是有其种子根据的，这就是无漏种子。关于无漏种子的来源，即在杂染心识中如何存在着清净法根据的问题，就成为清净法来源上又一个值得讨论的问题。唯识学对此的解释大致有三种观点：一是认为无漏种子本有，从无始以来即存在于藏识之中；二是主张无漏种子是在多生多劫的轮回过程中受佛法的熏习，即无漏新熏说；三则综合二者，认为无漏本有，新熏乃发。[31]一般来讲，本有说是超验说，新熏说是经验说，本有新熏说则是先验说。这三种观点都有其合理性。实际上若按照佛教的理解，经验不限于此生此世，而是囊括无始以来所有转生经历的。这样，相对于此生此世的超验本有，也不过是经验新熏之所得了。经验之所得的本有种子遇缘而发，则可以作为本有新熏的先验说来理解了。这可以说是对唯识学清净法根据问题的一个疏通解释。
对无漏种子存在根据问题的理解，涉及瑜伽唯识学关于众生成佛可能性的看法。早期大乘经典，尤其是《法华经》中，提出了“一切众生皆能成佛”这样一个大乘佛教的基本口号，上面提到的三种关于无漏种子的本有与否的问题，就是唯识学中关于这一问题的不同理解。玄奘所传的唯识今学主张五姓各别说，在表面上与一切众生皆能成佛的大乘基本教义相悖，实际上，一切成佛说是在所知境界的意义上就众生的体性，也就是自性涅槃的意义上来立论的，而五姓各别说则从能知智慧的意义上立论。就境界而言，众生都有可能得见真如实相，但从主体的角度，则总有人无缘听闻佛法，而失去熏习本有净种的机会。这才是五姓各别说的本意。犹之中国古代所说“人皆可以为尧舜，不必人人果成尧舜；涂之人可以为禹，不必人人终能成禹”。可能性与现实性并不总是一致。
