瑜伽行派的唯识思想是大乘思想发展的一个阶段性标志。原始佛说与部派佛教思想中有着大量关于心识性质与作用的思想，但是这些思想都未能引申出一个存在的统一根据。唯识学中阿赖耶识概念的提出，对以前关于心识、心体的思想做了一个归结，同时也将缘起安置于一个恰当的基础之上。关于阿赖耶识的意义，《摄大乘论本》中对阿赖耶识的本性与作用做了比较明确的区分。《摄大乘论本》云：“此中安立阿赖耶识自相者，谓依一切杂染品法所有熏习为彼生因由能摄持种子相应；此中安立阿赖耶识因相者，谓即如是一切种子阿赖耶识，于一切时与彼杂染品类诸法现前为因；此中安立阿赖耶识果相者，谓即依彼杂染品法无始时来所有熏习阿赖耶识相续而生。”[30]据这段引文，阿赖耶识之为阿赖耶识的自相，是在作为一切杂染品法的生因、摄持杂染品法的种子、接受杂染品法的熏染这三方面的意义上建立的。作为一切杂染法生因，它并不是一因能生万物意义上的起源，而是与杂染法之间处于一种能动、相互作用的关系之中。一方面，阿赖耶识犹如仓库般于其中摄藏着诸法的种子，这些种子的现行，便形成现实存在的诸法；另一方面，这些种子并不是从阿赖耶识中自己生长出来的，而是由同类性质的现行之法对阿赖耶识的熏习而留存于其中的。这些种子实际上只是以前所造之业潜存下的功能而已，根据佛教业力不灭的原则，这些功能在条件具备的情况下就会发生作用。因此，阿赖耶识这一概念表达的并非实体性的存在，而是一种功能作用的过程，种子与现行之间也是“俱现和合”的。这是与佛教思想对于心识刹那生灭状态的认识是一致的。依存于阿赖耶识而发生的种子与现行之间的关系，就是阿赖耶识与诸法之间的因缘关系。
在唯识学的心识观中，阿赖耶识处于心识的最深层，它不仅是诸法依持的根据，而且也为诸识所依。前七识都有自己的种子藏于阿赖耶识之中，这些种子的现行就构成七识能缘见分的一边。能缘识之所缘对象则有两种，一是由含藏于阿赖耶识当中的相分种子现行而来的本质相分，二是缘此本质相分而生的影像相分。前者是疏所缘缘，后者是亲所缘缘。作为亲所缘的影像境可以离本质境而自存，这时的影像境即所谓独影境，是自识虚妄变现的境界。亲所缘与疏所缘共同作用而产生的认识是具有一定客观性的，与独影境不同。因此，以阿赖耶识为因缘而限定的认识过程是具有一定客观性和稳定性的。同时，这也说明由阿赖耶识因缘变现的诸法都是具有一定实在性的存在。这正是唯识学关于缘起法，即依他起法的态度。通过对阿赖耶识因缘与所缘缘理论的解说，我们可以知道唯识学关于心识与诸法的生起关系的态度，并不是一种以心体为动力因而能生一切法的关系，心与诸法之间是由缘起联系，而且是对缘起的说明。
唯识学中的阿赖耶识缘起论是把认识问题与存在问题结合起来加以解决的。认识问题与存在问题的相关性原本是佛教思想实践特色的反映。阿赖耶识与杂染法之间的依持关系，一方面说明的是染境迷界存在的根据；另一方面则说明了凡界认识的来源，以及其中妄见的根源。阿赖耶识作为存在与认识的根源，其与终极存在和清净认识的关系又是怎样的呢？或者说阿赖耶识与清净法的关系如何呢？作为染因的阿赖耶识能否生起清净法？如果能生，是否会破坏关于存在与认识的一元论解释？
