在龙树建立中观学派之后，又有大量大乘经典问世。这一时期的大乘经典针对中观思想中存在的不足，主要从三个方面来深化和发展大乘思想。第一，关于染净迷悟根据的说明不足。中观思想主要是从认识观照的意义上立论的，以一切法为所知，染净迷悟仅是观照境界的差别，而未能指出染净迷悟在能知主体中的根据，建立大乘思想的本体论基础。第二，由于对染净迷悟问题的说明不足，所以在关于一切众生悉能成佛这一大乘基本教说的心理根据说明上还有未达一间之处。如何从理论上解决这一大乘实践的根据问题，是中期大乘思想的一个主要的理论关怀。第三，关于佛陀本性的认识，经过龙树中观思想的发展，已经在思想上获得了大致的轮廓，但是还未能在教相上提出一个完整的法相，而中期大乘经典中的三身论就是这样一种成熟的法相。这一时期出现的大乘经典主要有两类，一是从自性清净心的意义上建立染净根据的如来藏经类，如《大方等如来藏经》《胜蔓经》《大般涅槃经》等；二是从杂染心的角度立论的瑜伽唯识系的经典，如《解深密经》《大乘阿毗达摩经》等。综合二者思想的代表即《入楞伽经》。
约4—5世纪由无著、世亲兄弟创建的瑜伽行派就主要是从杂染心的意义上整理大乘经典思想的。在瑜伽行派作为基本典据的六经十一论中，六经包括《华严经》《密严经》《解深密经》《大乘阿毗达摩经》《入楞伽经》《大乘庄严经》六种从染净两方面立论的经典。这表明了瑜伽行派最初的综合立场和理论规模。经过无著、世亲兄弟的整理和组织，确立了以杂染心，即阿赖耶识为核心的瑜伽唯识思想系统，成为与中观并立的大乘学派。如来藏系的思想则附庸于瑜伽唯识学派，并未取得独立地位。
无著、世亲兄弟建立的瑜伽行派与中观学派的不同之处，也正是其理论特色所在之处。一方面，瑜伽行派在中观八不缘起观所树立的缘起教理的基础上，提出了阿赖耶识缘起思想，使得缘起法与性空理结合起来，部派的缘起教法与大乘的缘起性空理结合起来，并在法相组织上把佛法结构成一个完整统一的系统，不因教理上的不同导致佛法系统的分裂；另一方面，瑜伽行派也在缘起教理上发展了中观思想，提出五法三自性的理论，给予缘起法一定程度上的实在性，完善了二谛中道的理论，纠正了中观理论可能的偏失。此外，正如瑜伽行派的名义所示，此派以瑜伽实践为立宗的基础，以瑜伽修行的次第来组织理论，观行一致，道果相应，着重于根本智证的同时也重视后得智的解说，努力使作为直观内容的根本智慧境界可以作为知识而传达，作为规范而使人依循。这些都成为瑜伽行派的理论特色。下面我们就从瑜伽行派的两个组成部分，即注重从教相上统合大小乘、中观与唯识思想系统的法相学，与在教理上深化部派、中观缘起思想的唯识学，略述其思想梗概。
