在明朝后期，欧洲天主教耶稣会士纷纷来华，基督教第三次传入中国，对中国社会尤其是在天文、地理、历算等实用之学领域产生了一定的影响。
万历十年（1582年），意大利籍耶稣会传教士利玛窦来华，抵达澳门。随后他学习中国语言，适应中国传统习惯，以西洋器物馈赠朝廷地方官员，为入内地传教铺平道路。万历十一年（1583年），利玛窦与传教士罗明坚进入肇庆，筑室传教。万历十七年（1589年），利玛窦迁居韶州，建立首座教堂。万历二十三年（1595年），又在南昌建立了第二座教堂，并从此改穿儒服，利用原始儒家思想解释天主教义，结交士大夫。万历二十七年（1599年），他在南京建立了第三座教堂。万历二十九年（1601年），利玛窦终于有机会前往京师入贡方物，明神宗钦赐官职，并敕准长期留居北京。到万历三十八年（1610年），利玛窦病死。而他所领导的中国传教会已经使两千多名中国人皈依了基督教。当时在华的还有欧洲神甫13人，澳门出生的中国修士7人。
在明代的两千多名基督教徒中，很多是上层显贵和官僚士大夫。据哈克所做的统计，在中国士大夫教徒中，除徐光启、李之藻、杨廷筠这些重要官员外，“还有一品官14名、进士10人、举人11人、秀才300人，皇室中还有许多教徒，受洗的人共有140多名。虽然他们在政府中没有职权，但他们是贵族门第，一定会产生影响。皇帝身边有40名内侍皈依基督教。这些信徒中，不管是官员还是文人，是王公贵族还是黎民百姓，他们对于自己信奉的宗教是虔诚的。”[63]万历年间，耶稣会士在中国建造的教堂有4处，它们分别在北京、南京、南昌和韶关。以上是明代耶稣会士在华传教的基本成果。他们取得如此传教成绩的原因，一是因为利玛窦本人博学多识，通过西洋学术打通向内地传教的道路，采取了适合中国传统与文化思想的传教方式；二是得力于明朝一些高级官员与士大夫特别是徐光启、李之藻和杨廷筠等人的支持和帮助。
万历四十四年（1616年），“南京教案”发生，南京教堂的神甫王丰肃、谢务禄、钟鸣礼以及23名教徒均被逮捕监禁。明神宗下旨禁教，耶稣会士们被“督令西归”，驱至澳门。耶稣会士在中国的公开传教活动至此告一段落。但是不久，一些传教士又悄然潜回内地，在中国教徒的掩护下秘密传教，直到明朝灭亡。
注释
[1] 《明孝宗实录》卷十三。
[2] 《明孝宗实录》卷八。
[3] 张瀚：《松窗梦语·灾异纪》。
[4] 青词，又称绿章，是斋醮时献给天神的奏章祝文。多为骈俪体，一般用朱笔写在藤纸上，因而得名。
[5] 沈德符：《万历野获编·进药》。
[6] 李诩：《戒庵老人漫笔·辟世俗释道》。
[7] 《明史·穆宗纪》。
[8] 朱元璋：《御制斋醮仪文序》。
[9] 在元代，正一天师的辖权仅限于统领江南诸路道教。
[10] 《明史·职官志三》。
[11] 《明通鉴》卷二十二。
[12] 《明史·佞倖传》。
[13] 陆容：《菽园杂记》卷八。
[14] 《明史·佞倖传》。
[15] 《道藏》第55册。
[16] 夏燮：《明通鉴》卷三十五。
[17] 王世贞：《名卿绩记》卷三。
[18] 《明史·食货志二》。
[19] 沈德符：《万历野获编·嘉靖青词》。
[20] 沈榜：《宛署杂记·民风一》。
[21] 《释氏稽古略续集》卷二。
[22] 葛寅亮：《金陵梵刹志·钦录集》。
[23] 《明史·姚广孝传》。
[24] 《明史·艺文志三》。
[25] 《明史·西域传三》。
[26] 《明史·单宇传》。
[27] 同上。
[28] 《明史·刘定之传》。
[29] 《明史·单宇传》。
[30] 《明史·刘春传》。
[31] 王颂蔚：《明史考证捃逸》卷四十二。
[32] 王士性：《广志绎·两都》。
