排斥论者与传教士论争的一个共同特点是，坚持以传统儒学的纲常理论反对天主教理论，否认作为超验性实体的上帝的存在和上帝创世说。例如针对利玛窦等传教士引证《诗经》、《易传》、《中庸》等儒家经典，牵强地论证上帝存在的理论，钟氏驳斥道：“吾儒所谓天者有三焉：一者望而苍苍之天，所谓昭昭之多及其无穷者是也；二者统御世间主善罚恶之天，即《诗》、《易》、《中庸》所称上帝是也，彼惟知此而已，此言天帝，但治世而非生世……三者本有灵明之性，无始无终，不生不灭，名之为天，此乃天地万物本原，名之为命。”“苟能于一事一物中克见太极易理之全者，在天则为上帝，在鬼神则为灵明，在人则为圣人……倘天地未分之先，先有一最灵最圣者为天主，则便可有治无乱，有善无恶，又何俟后之神灵圣哲为之裁成辅相？而人亦更无与天地合德，先天而天弗违者矣。”[79]此外，排击天主教的士大夫，还对天主教的灵魂不灭、魂有三品、天堂地狱和赎罪等学说概念，从儒学的立场逐一予以批判。
二、耶、释、老三氏论战
上述容纳与排斥天主教两派，虽然对西方传教士持截然相反的意见，但两派之间几乎没有发生什么面对面短兵相接的论辩，而传教士与佛、道之士之间的争论则有很大的不同，不仅论辩白热化，而且双方面面相斥，唾液相击，可以说是明代文化论争中最为激烈的场面之一。
耶稣会传教士与中国的佛、道之所以发生激烈的冲突，与其传教策略有着密切的关系。万历十一年（1583年），利玛窦肩负着耶稣会的重托，踏上“文明鼎盛”而又神秘莫测的中国国土。在研究中国文献和语言的同时，他敏锐地发现儒学和士大夫阶层在中国社会中的重要地位，遂改变前一年进入中国时认同佛教的做法，改行穿儒服、行儒礼的所谓“合儒”、“超儒”，排斥释、老的传教路线。此后利玛窦传教活动的顺利展开，说明这是一条成功的道路。但这种做法，却将天主教摆在与释、道二教对立的位置，不可避免地要引发传教士与僧徒道众的宗教之争。按照利玛窦的说法，这就是“所是所非，皆取凭于离合，尧、舜、周、孔皆以修身事上帝为教，则是之；佛教抗诬上帝，而欲加诸其上，则非之”[86]。
最早的天主教与释、老间的大论战，爆发在双方代表人物集中的杭州和福州。
为了附会儒家，攻击佛教，以利玛窦为代表的传教士不惜编造神话，曲解历史。例如利玛窦编造说：“考中国之史，当汉明帝时，尝闻其事（天主教），遣使西往求经，使者半途误值身毒之国，取其佛经，流传中国，迄今贵邦为所诳诱，不得其正道，大为学术之祸，岂不惨哉！”[87]教徒们更是公开以排佛辟道为己任，声称：“缙绅亦好习其（佛、道）者，徒以生死之际，孔子未尝明言……虽欲骤折之，而无辞焉。岂知教从天来，二氏不奉天，即非正教，妄自主教，即为亵天，此易折耳。若夫（天主教）治世既不离君臣父子之经，而修性又详通生死幽明之理，得非至大至公正之道乎！”[88]
