但是，这股实学思潮并没有持续多久，很快便又趋于沉寂。第一次实学思潮的沉寂，与王守仁心学的衰落有着密切的关系。王守仁在嘉靖初年形成完整的心学体系之后，极力宣扬精神、理性的作用，补救了朱学支离烦琐之弊，并因其简易直接而使人们“心目俱醒，恍若拨云雾而见白日”[85]，因而很快风靡天下，进入它的全盛时期。但是王守仁的“心外无物”、“心外无理”的命题，把中国古代的主观唯心主义发展到登峰造极的地步，必然要使自己陷入禅宗的泥坑。果然，到了晚年，他已抛弃以前有关“事功”的种种主张，走向禅学的虚空境界。就在王守仁的心学盛行之时，罗钦顺、王廷相等思想家即对心学的空疏学风提出批判，提倡“经世宰物”、强调“笃行”的学风，认为“唯实学可以经世”[86]。但是，明朝统治者却对王学极力加以扶持。嘉、隆以后，“自兴化（李春芳）、华亭（徐阶）两执政尊王氏学，于是隆庆戊辰（二年）论语程义，首开宗门，此后浸**无所底止，科试文字大半剽窃王氏门人之言”[87]，改变原先以程朱注疏为准的规定，将心学列为科举考试的内容。隆庆元年（1567年）还追尊王守仁为新建侯，谥文成。万历十二年（1584年）十一月，更钦准王守仁从祀文庙。心学于是便以国学的资格取代朱学而成为全国的统治思想。此后，王学后门王畿、王艮与邹守益、钱德洪等虽然派别不同，但都片面发展王学的糟粕，进一步加深心学的禅宗化程度。一般士大夫也是不读书，不探讨实际学问，不研究当代的现实问题，而只顾谈心性，诵语录，参话头，背公案。他们一味清谈，“以明心见性之空言，代修己治人之实学”[88]，祸及社会人心，误国误民。因此，王学在盛行半个世纪之后，便无可奈何地走向衰落。
万历中期，经张居正改革而暂时缓和的社会矛盾又复尖锐起来。它既有封建社会固有矛盾的激化，又有因资本主义萌芽而产生新矛盾的抗争。与此同时，民族矛盾也在激化。民族战争的烽火与阶级斗争的怒涛，直接威胁着明王朝的存在。而统治集团内部持久、激烈的党争，又消耗着明王朝自身的力量。拯时救危的时代需要，呼唤着经世致用之学的回归。于是，心学内部的一些有识之士便纷纷反戈，要求对它进行修正或加以抛弃，以“实”救“虚”。这种反戈由颜山农、何心隐、李贽开其端，顾宪成、顾允成、高攀龙继其后，而由明末清初的刘宗周、孙奇逢、张采、陈确、黄宗羲、陆世仪、李颙、唐甄等推向**。与此同时，以徐光启、宋应星为代表的科学家，以张溥、陈子龙、顾炎武、方以智为代表的复社成员，以王夫之为代表的唯物主义思想家，以陈第为代表的考据学派，以及朱舜水、傅山、潘平格、费密、吕留良等一批明清之际的思想家和学者，也纷纷抨击心学末流的虚浮空疏之风，倡导经世致用之学[89]，从而掀起了明代历史上的第二次实学思潮。
明晚期兴起的第二次实学思潮，比第一次实学思潮的规模更大。它把批判的矛头指向心学的空疏学风，要求反虚务实。东林党的领袖之一顾宪成抨击王氏之学是“议论益玄，习尚益下”[90]。顾允成也愤慨地说：“吾叹夫今人之讲学者”，“凭是天崩地陷，他也不管，只管讲学快活过日”[91]。高攀龙要求将王学的“虚”“反之于实”，“不贵空谈，而贵实行”[92]。复社领袖张溥针对当时的士人高谈心性、不通经术，“登明堂不能致君，长郡县不知泽民”的状况，特地为复社制定了“复兴古学”、“务为有用”[93]的宗旨。陈子龙也对“士无实学”的现象深为不满，极力主张“实用”，反对“浮文”，主张“通今”，反对“拟古”[94]。黄宗羲更抨击心学导致明王朝“股肱惰而万事慌，爪牙忙而四国乱，神州**复，宗社丘墟”[95]的祸害。
