在对历史进程的认识上，李贽也有独立的见解，他将天下的治与乱归结为客观之“势”，并认为治与乱是相互依存、相互转化的，即“乱之终而治之始也”，“治之极而乱之兆也”，可见他对于历史上治与乱的认识，是具有朴素的唯物思想和辩证思想的。他还认为历史过程是种种不同历史人物活动的轨迹，不论这些历史人物活动的性质及结果如何，都应当在这个轨迹上反映出来。《藏书·世纪》部分就体现了李贽的历史意识。他在《混一诸侯》一目之下，列举了秦始皇帝；在《匹夫首倡》下写了陈王胜，在《英雄草创》下写了齐王横，最后在《神圣开基》写下了汉高祖皇帝。按照同样的道理，王莽、公孙述、曹魏、孙吴、刘蜀、南朝、北朝，以及李密、窦建德等，都一一列于“世纪”之中。在对这些历史人物的评价上，李贽也往往表现出与众不同的评价。他称秦始皇“自是千古一帝”，称陈胜是“古所未有”，称项羽“自是千古英雄”，说西汉元、成、哀、平四帝“不足称帝”等，都表明他敢是敢非的独立见解。书中一些“排击孔子，别立褒贬，凡千古相传之善恶，无不颠倒易位”[23]的反传统的观点，产生了深远的影响。
三、焦竑及其史学著作
焦竑字弱侯，号澹园，江宁（今江苏南京）人。万历十七年（1589年）状元，官至翰林院修撰。他与当时进步思想家李贽交往密切，受其影响较深。他落职还家后，专心从事著述。他一生著作很多，《明史·艺文志》经、史、子、集类著录他的书有十几种。关于本朝史的撰述，主要有《国史经籍志》、《国朝献征录》、《玉堂丛语》。在明代的史学家，前有王世贞后有焦竑。谢肇淛在《五杂俎》中说：“王元美先生藏书，二典之外，尚有三万卷，其它即墓铭朝报，积之如山，其考核该博，固有自来。近时则焦弱侯太史，留心坟索，累世探讨，非徒为书簏者。”隆庆、万历以来，南京人士之所以喜欢董理乡邦掌故，如顾起元、周晖等人，都是受了他的启发，遂成为一时的风气。
《国史经籍志》5卷，附录1卷。万历二十二年（1594年），大学士陈于陛建议修国史，焦竑曾应陈于陛之聘，参与官修纪传体本朝史之事，撰写了《经籍志》一书，其他皆无所撰，史馆亦罢，有幸《经籍志》一书流传下来。《经籍志》一书体例多遵《隋书·经籍志》，著录历代典籍，重视分类，各类皆有小序，以明分类之旨。而其分类方法，又参考了《通志·略》，全书含经部11类，史部15类，子部17类，集部5类。附录1卷名为《纠谬》，详析《汉书·艺文志》以下至《文献通考·经籍考》等公私所撰文献分类目录之误。因有这些特点，它受到后人的推崇，在目录学史上有一定的地位，对于后人了解明人著作，尤有帮助。但对前代典籍之著录，多抄自有关目录书，难免失误。该书曾收在《明史·艺文志·补编·附编》中，因此《明史》评价说：“明万历中，修撰焦竑修国史，辑《经籍志》，号称详博。然延阁广内之藏，竑亦无从遍览，则前代陈编，何凭记录，区区掇拾遗闻，冀以上承《隋志》，而赝书错列，徒滋讹舛。”《四库全书总目》评其“古来目录，惟是书最不足凭”，所评显然有些过分了。
《国朝献征录》120卷。是书凭借焦竑应聘修本朝史时所搜集的资料，并在其后继续努力下，编辑而成。此书博采自洪武以迄嘉靖时期的名人事迹，按宗室、戚畹、勋爵、内阁、六卿以下各官，分类标目，依次编排。没有任过官职的，按孝子、义人、儒林、艺苑等目，分类汇编。大多数人物传记，都注明引述之书，内容丰富，查用方便，保存了明中期以前的人物传记资料，可用来校正实录和《明史》。
