李贽的主要撰述有《藏书》、《续藏书》、《焚书》、《续焚书》。前者是历史评论著作，后者是诗文集而重于思想评论，它们在史学史和思想史上各有重要地位。《藏书》和《续藏书》这两部较有影响的史著，也使李贽在以“异端”思想著称的同时，确立了在中国史学史上的地位。
《藏书》68卷，《续藏书》27卷，是李贽关于历史人物述评的两部著作。《藏书》用李贽自己的话说，是取“书而藏之，以俟夫千百世之后尔”，即藏之名山之意。全书分为《世纪》和《列传》两大部分。《世纪》类似《史记》中的帝王《本纪》与诸侯国《世家》之组合；列传皆以“臣”名篇。分别有《大臣传》、《名臣传》、《儒臣传》、《武臣传》、《贼臣传》、《亲臣传》、《近臣传》、《外臣传》八类，在形式上与历代纪传本史著中的类传相同。因而从总体上看，全书颇似一部没有《志》和《表》的纪传体史著。该书起自春秋，讫于宋元，载录了西周、东周、燕、田齐、魏、赵、韩、楚、秦九个诸侯国的简要历史以及秦始皇、陈胜、项羽等八百余名历史人物的生平并加以评论。
《续藏书》是李贽去世后才印行的。它是《藏书》中《列传》部分的续篇，专门记载明代人物，收录了明神宗以前上至王侯将相、下至士庶人等约400名，同样以臣名篇，同样是类传形式。分别为《开国名臣》、《开国功臣》、《逊国名臣》、《靖难名臣》、《靖难功臣》、《内阁辅臣》、《勋封名臣》、《经济名臣》、《清正名臣》、《理学名臣》、《忠节名臣》、《孝义名臣》、《文学名臣》、《郡县名臣》14类。
《藏书》主要取材于历代纪传体史著和《资治通鉴》。《续藏书》资料来源于明代的人物传记和文集。在人物本身的生平活动上，这两部书基本录自他书，只是有选择地摘录了其活动的主要部分。其价值在于，李贽在为各类传记所写的“总论”、“前论”、“论”、“小引”、“记序”、“叙述”、“后记”，以及在一些人物传记之后和传记之中以“李生曰”、“卓吾曰”、“李贽曰”等形式发表的史论和史评，及在传中插入的简短评话，阐明了他对历史独到的见解，表达了他的历史观。
在对历史评价的理论认识上，李贽认为：“人之是非，初无定质；人之是非人也，亦无定论。无定质，则此是彼非并育而不相害；无定论，则是此非彼亦行而不相悖矣。”[22]这就肯定了人们认识事物的“是”与“非”。是可以同时存在的，不仅可以“并行”，而且可以“并育”，即促进认识的发展。他明确提出，史学家应当有自己的是非标准，要突破“咸以孔子之是非为是非”的传统观念。在他看来，千百年中只遵循孔子的是非为是非，就等同于没有是非可言，更谈不上“是”与“非”的“并行”、“并育”。李贽提出的这些论点，在历史评论的理论发展上，是一个重大进步。
