多项基线设计不仅类型多样，而且操作起来也比倒返设计更复杂。因此，要有效运用多项基线设计，应遵循以下原则：
第一，明确定义目标行为。这是行为改变技术实施的必备步骤，多项基线实验也不例外。因此，在正式开始实验之前，先要明确定义目标行为。
第二，注意实施行为处理阶段的条件。多项基线设计有多个基线，应该等到所有的基线都保持稳定状态或可以接受的趋势后，才能对第一位（种）被矫正者（行为或条件）施行实验处理。同时，也应等到第一位（种）被矫正者（行为或条件）在处理阶段的问题行为达到预定标准并趋于稳定后，方可对第二位（种）被矫正者（行为或条件）施行实验处理，以此类推。
第三，注意实验中可能出现的问题，以便及时处理。比如，如果第二位或第三位被矫正者问题行为在尚未施加处理条件之前，就随着前一位被矫正者问题行为的改变而改变，就应暂停实验，找出各种原因，如确定是由于被试间的相似性质引起的类化，还是由于其他变量的影响造成的，然后进一步完善实验设计。行为条件的类似情况也照此处理。如果某一被试（行为或条件）在实验条件引入后，并不因此而发生问题行为的改变，则须另换处理条件。
