理性疗法的治疗过程一般分为四个阶段。
（一）心理诊断（psychodiagnosis）阶段
这是治疗的最初阶段。首先，治疗者要与病人建立良好的工作关系，帮助病人建立自信心。其次，要摸清病人所关心的各种问题，将这些问题根据所属性质和病人对它们产生的情绪反应分类，从最迫切希望解决的问题入手。例如，有位高三学生，在平时测验中她总能考进班级前三名，可是在最近的一次月考中成绩不理想，因此她感到非常伤心和失望。在这个阶段就要从找出来访者伤心和失望的根本原因入手，并以这个问题为中心，与来访者共同制订治疗的工作目标。
（二）领悟（insight）阶段
这一阶段的主要任务是，帮助病人认识到自己不适当的情绪和行为表现或症状是什么，产生这些症状的原因是自己造成的，寻找产生这些症状的思想或哲学根源，即找出它们的非理性信念。如让那位高三学生认识到自己伤心和失望的根本原因其实是她自己对这次考试所作的不合理评价和解释，而不是这次考试没考好这一事件本身。
（三）修通（workingthrough）阶段
在这一阶段，治疗者主要采用辩论（disputing）的方法动摇病人非理性信念，即通过以与不合理信念辩论的方法为主的治疗技术，帮助来访者认识到其信念的不合理之处，进而放弃这些不合理的信念，产生某种认知层次的改变。对不合理观念，可采用质疑式和夸张式的方法与其辩论。
1.质疑式。治疗者可直截了当地质询来访者，主要是询问病人所持信念是否有客观依据，是否合乎逻辑，是否现实等。如“你有什么证据能证明自己的这一观点？”“难道除了考大学之外，就没有别的选择了吗？”“有些没考上大学的人，不也一样生活得很好吗？”2.夸张式。即故意对来访者的不合理信念提一些夸张的问题，使来访者认识到其信念是不合理的。如“是不是你每次考试都考得这么糟糕？”“要不要广而告之，说你这次考试没考好，以后就考不上大学了，以至于世界末日将要来临，提醒大家小心呢？”
来访者一般不会简单地放弃自己的信念，但这一过程的重复，治疗者不断地与其不合理信念的辩论，能使来访者真正认识到：①他的这些不合理的信念是不现实、不合逻辑的，是没有根据的；②要分清什么是合理的信念，什么是不合理的信念；③必须以合理的信念取代不合理的信念。
这一阶段是本疗法最重要的阶段，治疗时还可采用其他认知和行为疗法，如布置病人做认知性的家庭作业（阅读有关本疗法的文章，或写一篇与自己某一非理性信念进行辩论的报告等），或进行放松疗法以加强治疗效果（effect）。
（四）再教育（reeducation）阶段
再教育阶段是治疗的最后阶段，为了进一步帮助病人摆脱旧有思维方式和非理性信念，还要探索是否还存在与本症状无关的其他非理性信念，并与之辩论，使病人学习到并逐渐养成与非理性信念进行辩论的方法和用理性方式进行思维的习惯，这样就达到建立新情绪的目标。比如，治疗者可尝试让来访者展开思考：考试没有取得自己所预期的成绩时也不一定是最糟的事，就算做最坏的打算——没能考上大学，我还能够做其他一些自己感兴趣的事。
