贝克认知疗法可以用来治疗许多疾病和心理障碍。其中最主要的是治疗情绪抑郁病人，尤其对于单相抑郁症的成年病人来说，是一种有效的短期治疗方法。但对于精神病性抑郁病人，认知治疗可能效果较差。
认知治疗还可作为神经性厌食、性功能障碍和酒精中毒等病人的治疗方法之一。例如，酒精中毒病人常存在一定程度的认知缺陷，尤其是刚开始戒酒的最初几周里，他们往往表现为记忆困难和解决问题困难。因此，在治疗开始阶段应重复进行几次分别会谈，要求病人做会谈笔记，并且记录每天家庭认知、行为作业完成的情况。通过言语交谈、行为操作、想象技术以及声像图片教育等多种渠道给病人输入信息，对于酒精中毒病人的治疗也大有帮助。当然，这些技术的应用并不是对于所有病人来说都有效。有些病人往往在开始治疗的时候便不合作，甚至中断治疗，对此，医生可能会认为这些病人“没有求治动机”或“不准备治疗”；实际上，可能是治疗方法不完全适合这些病人。因此，在对这些病人的治疗中，治疗师应该了解和识别病人存在的认知错误，并进行适当的诘难和矫正，使病人配合治疗师进行戒酒。
在对神经性厌食病人的治疗中，除了药物治疗、饮食治疗和家庭治疗外，还要注意这些病人的认知歪曲，因为这些病人往往存在着对自身外形、脸庞等方面的认知异常，所以必须矫正他们的错误认知。例如，可以通过下述合理认知的对话和自我监察来进行：“消瘦的人是吃得过少”“消瘦的人进食方式与正常体重人的进食方式不一样”“消瘦的人不像正常体重的人那样健美、强壮”。要求病人完成一定热量食物的摄入，并自我监察体重、情绪和自动式思想，逐步改变不良认知。神经性厌食患者治疗多不主动，注意处理好医患关系，取得患者信任是非常重要的。
另外，认知治疗还适用于治疗焦虑障碍、社交恐惧、偏头痛、考试前紧张焦虑、情绪的激怒以及慢性疼痛病人。对于海洛因成瘾病人，认知治疗可以作为辅助治疗手段，加强治疗作用。近年来有些报道认为，认知治疗与药物治疗合用，可治疗某些精神分裂症病人的妄想。
