贝克认知疗法主要着手于和错误的认知模式及不良信念进行辩论，并对其加以改正。具体治疗步骤如下。
第一，使患者能够了解自己所具有的特殊的认知，或是消极的自动化的想法。即治疗者在治疗过程中，首先要了解、分析病人的认知活动，了解其存在的错误想法。比如，因为害怕失败而出现退缩、逃避行为的儿童，可能这样诉说他害怕的原因：“如果我做错了，妈妈就不喜欢我了。”或“如果我失败了，我就不是一个好孩子。”当问到他为什么退缩、逃避时，他可能说：“我不能做好任何事情”或“我觉得我肯定会失败”等。根据以上他所暴露的思想问题，治疗者应帮助儿童分析，究竟哪些是客观的现实，哪些是自己认知方面的错误。在这个例子中，分析“失败以后别人的现实反应究竟是什么”的关键，是系统地记录儿童的失败、别人对他失败的真实反应和儿童自己的思想之间的差异。
第二，揭示正反两面的证据，客观地检查其错误的认知。帮助患者根据事实去分析他的想法与客观现实的差异。
第三，在检查错误想法的过程中，鼓励患者矫正其认知上的歪曲与错误，逐步教会他一些新的、正确的认知，并用这些新认知去塑造新的行为。这种认知的重新塑造，主要是通过分析、交谈，分阶段进行的。
第四，由治疗者针对患者的各种良好表现，给予适当的反馈与强化。
