和西方很多教育家一样，卢梭把信仰教育作为道德教育的一个重要组成部分。“任何宗教都不能免除道德的天职，只有道德的天职才是真正的要旨；在这些天职中，为首的一个是内心的崇拜；没有信念，就没有真正的美德。”②从他的自然宗教思想出发，卢梭也具体论述了儿童的信仰教育。
1.信仰教育应该是自由而理性的
卢梭注意到，通常，一个孩子要受他父亲所信的宗教的教养，人们经常给他论证这种宗教不管怎样都是独一无二的真正的宗教，而其他的宗教则都是荒诞无稽的。但在卢梭看来，这完全是出于人的偏见。因此，他认为在培养孩子的宗教信仰方面，应该把选择和决定的权利交给孩子。
为了让孩子正确地运用理智去选择自己的信仰，宗教教育就必须在学生的理性发展起来以后才能进行。因为，“我们对上帝的深刻的观念，完全是来自理性的。”③因此，他强调理性在信仰中的作用。他说：“谁要我抛弃我的理智，谁就是在侮辱创造理智的神。真理的传播者不仅不压制我的理智，反而会启发我的理智。”④另外，如果在孩子的理性还没发展起来的时候就对他们进行信仰教育，向不理解上帝和基督教义的孩子去讲基督，这实际上是在向孩子散布谬误，因为一个人只能相信他理解的东西，而对于孩子来说，基督教义太过玄妙，他们很难理解。所以他说：“他宁可对上帝一点观念都没有，而不可对上帝产生鄙俗的、荒诞的、侮辱的和不尊敬的观念：不知道上帝的存在，总不如亵渎上帝的害处大。”①
同时，由于我们的理性会出现偏差，所以，还需要用良心对理性加以引导。卢梭说：“理性欺骗我们的时候太多了，我们有充分的权利对它表示怀疑；良心从来没有欺骗过我们，它是人类真正的向导；它对于灵魂来说，就像本能对于肉体一样；按良心去做，就等于是服从自然，就用不着害怕迷失方向。”②所以，他进一步提出，真正的崇拜是心的崇拜。
2.反对宗教仪式和教义灌输
卢梭主张内心对上帝的真正的虔信，所以他反对把宗教的仪式和宗教信仰本身混淆起来。他说：“上帝所要求的敬拜，是心中的敬拜，只要这种敬拜是至诚的，那就是一致的了。”③而仪式是由人来启示的，主持仪式者很容易把自己的欲念说成是上帝的欲念，这实际上是在贬低上帝。
对于宗教书籍和教义，卢梭也非常反对。在他看来，既然所有的经书都是人写的、人做的，里面就杂入了太多人为的因素。他质问道：“在没有经书以前大家又是凭什么办法知道他的天职的呢?要么,由他自己去领悟他的天职，否则就让他不知道好了。”①因此，他主张：“把所有的书都合起来。只有一本书是打开在大家的眼前的，那就是自然的书。正是在这本宏伟的著作中我学会了怎样崇奉它的作者。任何一个人都找不到什么借口不读这本书，因为它向大家讲的是人人都懂得的语言。”②他还说：“所有的经书都是用信教的人所不认识的文字写的。”⑤而用大家根本就不懂得的语言去教育人，这是一个很笨的教法!他甚至说：“有一些玄义不仅是人不能理解的，而且是不能相信的；如果不是教孩子们从小就学着撒谎的话，我看，用教条去教他们就没有什么好处。”③
