几天后，他与巴克勒分道扬镳，又来到了华伦夫人的家里。从这开始，他们以“妈妈”“孩子”称呼对方。华伦夫人开始研究他，希望制订出与他才情相适应的出人头地的计划。为了卢梭的前途，华伦夫人曾经把他送到神学院去读书，但卢梭不能适应神学院的压抑气氛，仅学会了一些歌曲，这让神学院院长对他感到很失望。对于神学院退回的卢梭，华伦夫人并没有嫌弃，而是以慈母的爱抚熨平他的创伤，并为他重新寻找新的前途。华伦夫人见卢梭音乐上有了一些长进，就想把他培养成音乐家，便把他介绍给大教堂的乐师、优秀作曲家、年轻的勒·麦特尔。虽然卢梭学习很勤奋，但这一时期，他对华伦夫人的迷恋，使得他不能把思想集中在学习上，因此，学业并没有取得成功。
和华伦夫人退居乡间，本来是为了让卢梭休养身体，但卢梭却借机进行了大量的阅读。别人觉得这样做对他的身体有害，他却感到有益，不仅有益于心灵，也有益于身体。因为这样读书对他来说是一种乐趣，使他不再考虑自己的那些疾病，痛苦也就因此而减轻了好多。卢梭从此走上了献身学问的独特之路。在健康不佳的时候，他把努力学习直到生命的最后一刻看成是件美事。哪怕是要到天堂去，他也觉得应该带着足够的知识去。这时的卢梭，正在如饥似渴地汲取知识的营养，他博览群书，对当时最新的科学知识和思想成果无不涉猎，阅读了大量的古代名著和当时许多知名学者的著作。他学习的范围涉及了政治、哲学、数学、历史、地理、天文、物理学、生理学、博物学、音乐等，广博的学习，为他成为一个思想巨人奠定了坚实的知识基础。日后他在各个领域所取得的伟大成就、他在设想自己一人教授爱弥儿时的自信，都是基于大量的阅读和丰富的学识。
在这段时间里，发生了几件事情，对卢梭后来思想的形成影响很大。
他曾经因工作勤奋被推荐到巴黎，却没有找到合适的职位。在回尚贝里的途中，有一次他因为贪恋一处风景迷了路，好不容易找到一个农民家里，就向主人家讨顿饭吃，并且愿意付钱，结果那位农民说家里只有撇去奶皮的牛奶和粗糙的大麦面包，后来见卢梭狼吞虎咽，一扫而光还觉未饱，认定他确实是饿极了的迷路人，这才打开厨房旁边的小地窖，取出很多好吃的招待卢梭。饭后交谈时，卢梭才得知农民把好一点的东西藏起来，是怕横行乡里的“税吏”和“酒耗子”们横征暴敛。卢梭看到这个殷实富足的人家，却不敢吃自己用血汗挣来的面包，而只能装出和周围的人一样穷困，才能免于破产。他不禁为农民而叹息：他们的一切劳动果实，大自然所慷慨赐予的一切，竟成了残忍的税吏掠夺的对象。社会的不公平令卢梭心中十分愤慨，这显然成了他以后致力于探讨人类不平等之根源的一个动因。他后来越加强烈的对于人民所遭受的痛苦的同情和对压迫他们的人所抱的不可遏止的痛恨，就是从这里萌芽的。
这期间，他得到了父亲去世的消息，于是决定到日内瓦去领取父亲留下来的遗产。为了谋生，卢梭先后做过很多工作。他曾帮一位牧师罗里松抄乐谱，卢梭很喜欢这项工作，认为它是适合自由人的一种职业，即使在成名之后，他也经常借此工作让自己免于恼人的论争，直至去世前夕，他一直坚持帮人抄乐谱。由于专门学习过一段时间的音乐，卢梭还冒充过来自巴黎的音乐家，想办法在钠沙泰尔做了音乐教师，教几个小孩子学音乐。不过，教得并不好。因为他当时完全是为了糊口，为了生计，所以后来在《爱弥儿》中，他非常反对用金钱去聘用教师，而主张教师要由父亲信得过的朋友来担任。
到了日内瓦以后，因为领取遗产的手续比较麻烦，卢梭在那里小住了一段时间。就在这段时间里，8月份，日内瓦爆发了一场反对小议会的动乱，这使得卢梭对他父亲所说的那一套政治和谐的神话首次产生质疑，也引发了他后来对“社会契约”和“革命理论”的思考。
