《爱弥儿》是卢梭最重要的著作之一，集中体现了他的自然教育思想，这部书与柏拉图的《理想国》、杜威的《民主主义与教育》一起，被誉为教育史上的三个里程碑。全书通过对主人公爱弥儿从出生到结婚、进入社会受教育的全过程的详细描述，论证了卢梭的一个重要哲学命题——人性本善。卢梭认为，这种天性的“善”要想避免社会偏见和惡习的影响而得到自然的发展，就必须对人进行合乎自然的教育，这就要求我们研究儿童、研究他的身心发展规律和特点，根据儿童的具体情况施以适当的教育。在《爱弥儿》中，卢梭特別强调要从孩子的年齡特点出发，从孩子的个性出发进行教育。
在他晚年所写的《对话录：卢梭评让-雅克》中，他通过他人之口说出了《爱弥儿》和他的其他著作之间的关系：“我一打开书本，就感到他(卢梭)的书是按一定的次序写的，必须弄清这个次序，才能找到那条贯穿他全部著作的线索。我发现，这个次序和他的著作的出版次序是倒转的，作者从一个原理追溯到另一个原理，直到最后这部著作才追溯到了始初的原理。因此，为了把他所有的书中的论点综合起来理顺他的思路，就必须从他最后这部著作入手，我之所以首先从《爱弥儿》读起，其道理就在于此，因为他就是用这本书给他的全部著作打上句号的。”①他在《忏悔录》中对《爱弥儿》一书所遭到的迫害表示不解时也谈道：“《社会契约论》里的一切大胆的言论早在《论不平等》里就有了；《爱弥儿》里的一切大胆的言论也早在《朱丽》(《新爱洛伊丝》)里就有了。”②
《爱弥儿》出版后，由于法国政府当局认为书中充满了宣扬自由和批评社会等级与君主制度的言论，必将危及社会秩序，动摇封建君主统治的思想根基，于是立即下令焚毁，并要逮捕作者。与此同时，《爱弥儿》中所提出的“自然神论”的思想，也不容于当时的基督教会和唯物主义无神论者，因此，卢梭在整个欧洲几无藏身之地，被迫到处逃亡，直到1770年才重返巴黎。在他辞世之际，卢梭依然背负着“逃犯”的身份。
但是巴黎的年轻人都喜欢模仿爱弥儿，放弃荤食，睡在坚硬的光地板上，要做“居住在城里的野蛮人”。妇女们声称她们要听从卢梭的教诲，安心于室，相夫教子，连王后也开始亲自哺育起她的子女来。路易十六的父亲路易王太子也深受爱弥儿的影响，按照卢梭的观点从小教育他的儿子，学一门手工匠人的手艺。甚至有一位从法国来的名叫圣布里松的青年军官，在读了《爱弥儿》以后就去学木匠手艺，为的是要做个小“爱弥儿”。
大哲学家康德(ImmanuelKant,1724—1804),终身生活在东普鲁士的小城——哥尼斯堡。他常被描述为一位单身汉，据说，康德先生的作息时间非常规律，每天四点半都会在周围的林荫路散步，往返走八次，以至于邻居们会以他的散步来对时。但是，有一次，邻居们却发现他没有出去散步，原来是因为他在读卢梭的《爱弥儿》。由此可见《爱弥儿》一书的魅力。康德对卢梭提出的关于人的尊严和价值的观念非常赞同，他自己也说，“人是唯一需要教育的动物，而教育的根本任务就在于充分发展人的自然禀赋”,这句话还被不了解的人误认为出自卢梭之口。
在这长达八年的流亡岁月里，为了回应各种各样的攻击，也为了打发孤独和寂寞的时光，卢梭又写出了《山中来信》(Lettres écritesdelamontagne,1764)和《忏悔录》,并发表了多年编成的《音乐辞典》 (dictionnairedemusique,1767)。其中，对后世影响最大的就是他的自传《忏悔录》,它与奥古斯丁和托尔斯泰的《忏悔录》一起被誉为世界三大《忏悔录》,在世界文学史上也享有很高的地位。
