在宗教问题上，卢梭从他的自然哲学出发，提出了一个以自然情感和理性为核心的自然神学。
卢梭出生在一个新教的家庭，但在流浪生涯中又曾因生计问题而随意改宗了天主教。随着年龄的增长和心智的成熟，卢梭开始思考真正的宗教和信仰问题。在当时，启蒙运动的哲学家大都坚持唯物主义的观点，反对宗教神学，宣扬无神论思想，但作为启蒙运动的重要一员的卢梭，却公开宣布自己是有神论者，并在《爱弥儿》中，借萨瓦省一位牧师之口，阐述了自己的自然神学观。他把物质和运动割裂开来，认为只有某种外在力量才能引起运动，而这个推动宇宙、构造世界、给万物以生命和运动的最高主宰，就是上帝。卢梭反对以宗教迷信和狂热为特征的传统天启宗教，主张“自然宗教”。他说：“我常常以自己的方式来理解宗教，但我从来没有完全离开宗教。”②在《致毕蒙主教书》中，卢梭明确地表达了自己的信仰：“我是个天主教徒，一个诚挚的教徒，遵从圣经福音的信条。我是个教徒，但并不是牧师的信徒，而是耶稣基督的信徒。我所坚信的天主并不要求深入讨论福音信条，而注重切身实行；他要求弟子信仰能使人类行善的事物，他告诉我们只要去爱自己的兄弟就是履行了信条①。”
基督教义宣扬宇宙间存在着具有人格的神——耶稣基督，神全知全能，至大至善。而人要想认识神，就必须学习圣经。传统的天主教神学认为，圣经不是人人都能理解的，对圣经的阐释是神职人员的事情，教会是耶稣基督在人间的统治者。经过宗教改革以后，路德新教和加尔文新教强调因信称义，反对教会对圣经和信仰的垄断，认为人人都可以凭借内心对上帝的信仰，通过阅读圣经而认识上帝，获得救赎。卢梭则反驳说，各种教条教义并不能使人认识上帝，反而会让上帝的观念混杂不清；不是在推崇上帝，而是在贬低上帝的地位。所以他说，教人违反理性和良心而信神的人，不是骗子就是疯子。他认为，宇宙是不依我们的主观意识而客观存在的。不仅如此，宇宙的一切还在有规律地运动，那么,是谁在操纵着这一切呢?卢梭认为，“我相信宇宙间存在着一种意志力使得宇宙运动，使得自然具有生命”②。而且“假如由各种事物的运转证明了意志的存在，那么,由它们运转之秩序存在便可证明智慧的存在”。他把这个具有意志并能完成其意志者称为上帝。并且他认为，上帝具有智慧、能力和意志，因此上帝也必然是仁慈的。我们的善良的天性，恰恰是由上帝赋予的。他说，“你看一看那自然的景象，听一听那内心的呼声。上帝岂不是把一切都摆在我们的眼前，把一切都告诉了我们的良心，把一切都交给我们去判断了吗?还有什么东西需要由人来告诉我们呢?”①
由此可见，在卢梭这里，上帝不再是具有人格和意志的神，而是以脱离主观意识而客观存在的自然规律，这种对上帝的信仰，只能凭借我们的理性和情感。卡西尔说：“卢梭的宗教，首先旨在成为一种自由的宗教。正是在这一点上，它引出了自己的特点和根本性质。”②
另外，在《社会契约论》中，卢梭还谈到了“公民宗教”。他区分了三种宗教。第一种是人类的宗教；第二种是公民的宗教；第三种即基督教。认为基督教败坏了政治、败坏了公民，使得社会丧失了统一。而公民宗教虽然把对神明的敬拜与对法律的遵从结合在一起，从而使宗教从属于政治，服务于政治。但它是建立在谬误和谎言的基础上的，使人民盲从、迷信，并可能沦为一种空洞的仪式。更危险的是，它的不宽容性可能导致信仰这一宗教的民族与其他一切民族都处于战争状态。因此，他试图以信仰自由为核心对这一宗教加以改造，从而建立一种适合时代气候的“新公民宗教”。
卢梭的宗教思想在其思想体系中居于重要地位。终其一生，卢梭既是反基督教的斗士，也是宗教的复兴者。也正因为如此，《爱弥儿》的出版才会同时惹怒了欧洲的教会势力和启蒙运动中的唯物主义思想家，使得卢梭不得不在欧洲到处逃亡。
