因此，卢梭认为要尊重和认识两性差异，根据性别实施不同的教育。“当我们论证了男人和女人在性格和性情上不是而且也不应当是完全相同之后，我们便可由此得出结论说：他们所受的教育也必须有所不同。”①卢梭在此思想指导下，在《爱弥儿》一书中，前四卷以爱弥儿的教育作为对男子进行教育的典范，而后第五卷又以苏菲为典型，专门论述了对女子的教育。不过，卢梭虽然主张男女都应该接受自然教育，但是他们的教育目的和内容是不同的，在他看来，一个女子只要会微笑、唱歌、跳舞和操持家务就可以了，对妇女的一切教育都应该和男子相关联，教育的目的应当仅仅是学会怎样博得男子的欢心。这种对男女两性性别差异及其差异化教育的主张，招来了后世许多学者、特别是女权主义者的猛烈抨击，他的很多看法也确实有值得商榷的地方，但主张女子应该接受教育，这本身对于当时欧洲不重视女性教育的现实也是一种批判。事实上，在当时的法国，沙龙文化的盛行，为女性在社会、政治生活中地位的提升提供了一个很好的平台，也使得法国的女子教育走在了当时世界的前列，出现了一些有影响的女子教育理论家和实践者，如蒙泰那等人。不过，这种性别的差异，到底在多大程度上是天然的；生理上的差异，是否一定会造成社会特征、特别是性格和思维方式上的差异，还缺乏一定的科学依据。当代心理学的研究认为，男女两性在思维上确实存在一定的差异，但主要体现在结构上，而不是智力上。从19世纪末开始，男女合校教育逐渐成为世界教育发展的一个共同趋势，女性在社会生活中的作用也越来越大，被称为半边天，男女平等已经成为民主社会的一个共识。但随着人们对民主、平等等观念的认识的深入，不可否认的是，如何真正地尊重性别差异，实现真正的两性平等，这仍然是值得我们思考和探讨的一个话题。尽管卢梭的女子教育思想有其时代的局限性，但他毕竟深刻地、富有远见地、以人为本地提出了这个问题，诚属可贵。它对于我们思考真正的教育民主和教育平等，也有一定的启发和借鉴价值。
第二，卢梭看到了儿童之间的个体差异。他说，“每一个人的心灵有它自己的形式”,正因为儿童在生理和心理上都有各自的特点，因而教育“必须按他的形式去指导他；必须通过这种形式而不能通过其他的形式去教育，才能使你对他花费的苦心取得成效”①。
在谈到道德教育时，他说，“要知道哪一种道德培养的方法最适合他，就必须对他特有的天资有充分的了解。每一个人的心灵有它自己的形式，必须按他的形式去指导他，必须通过这种形式而不是通过其他的形式去教育，才能使你对他花费的苦心取得成效”②。另外，卢梭也认识到，儿童的天赋是不同的，有“高”“下”之分：有的儿童貌似愚钝，实际却很聪明；有的儿童年幼时被人认为天资愚笨，头脑简单，然而后来却成为最出色的思想家、哲学家。所以，卢梭告诫人们：“要尊重儿童，不要急于对他作出好或坏的评判。让特异的征象经过一再的显示和确实证明之后，才对他们采取特殊的(教育)方法③。”
卢梭虽然也承认有些小孩子天资比较高，却认为这样的孩子毕竟是少数，父母不能据此去要求自己的孩子。他说，每一个做母亲的都以为一个孩子可以成为神童，因此也就相信她的孩子可以成为神童。不仅如此，她们甚至把说话俏皮、动作鲁莽和活泼天真这些司空见惯的现象也当做是特异的表征。
